解壓然後過程在linux

Question

所以我有一個腳本，解壓縮文件：

#!/bin/bash -e 
# will unzip the data without removing the zipped version 
gzip -dc $1 > RawData/unzipped/$(basename $1 .gz) 

然後我想在那個解壓文件執行代碼，我有

# will run fast qc on the argument passed 
fastqc RawData/unzipped/$(basename $1 .gz) --outdir=fastReports/ 

，但從來沒有第二個腳本似乎執行。 （注意，這些都是在同一個腳本，所以我假設它在第二個之前將執行初始腳本）

拉鍊：

14624_1#10_1.fastq.gz 14624_1#12_2.fastq.gz 14624_1#4_1.fastq.gz 14624_1#7_1.fastq.gz 
14624_1#10_2.fastq.gz 14624_1#1_2.fastq.gz 14624_1#4_2.fastq.gz 14624_1#7_2.fastq.gz 
14624_1#11_1.fastq.gz 14624_1#2_1.fastq.gz 14624_1#5_1.fastq.gz 14624_1#8_1.fastq.gz 
14624_1#11_2.fastq.gz 14624_1#2_2.fastq.gz 14624_1#5_2.fastq.gz 14624_1#8_2.fastq.gz 
14624_1#1_1.fastq.gz 14624_1#3_1.fastq.gz 14624_1#6_1.fastq.gz 14624_1#9_1.fastq.gz 
14624_1#12_1.fastq.gz 14624_1#3_2.fastq.gz 14624_1#6_2.fastq.gz 14624_1#9_2.fastq.gz 

提取：

14624_1#10_1.fastq 14624_1#12_1.fastq 14624_1#3_1.fastq 14624_1#5_2.fastq 14624_1#8_1.fastq 
14624_1#10_2.fastq 14624_1#12_2.fastq 14624_1#3_2.fastq 14624_1#6_1.fastq 14624_1#8_2.fastq 
14624_1#11_1.fastq 14624_1#1_2.fastq 14624_1#4_1.fastq 14624_1#6_2.fastq 14624_1#9_1.fastq 
14624_1#11_2.fastq 14624_1#2_1.fastq 14624_1#4_2.fastq 14624_1#7_1.fastq 14624_1#9_2.fastq 
14624_1#1_1.fastq 14624_1#2_2.fastq 14624_1#5_1.fastq 14624_1#7_2.fastq 

Answer 1

你可能只是使用zcat並在飛行中處理文件：

fastqc <(zcat path/to/file.gz) 

btw，<()語法是Process Substitution。

如果同時需要解壓縮的文件和處理結果你可以使用tee：

fastqc <(zcat path/to/file.gz | tee file)