2013-10-24 18 views
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我想使用我已經產生關於樣品的pymc診斷和彙總函數,而無需使用pymc。舉個例子,我想在我自己的樣本集上使用pymc的mc_error例程。使用pymc診斷和樣品後不彙總從pymc

一些pymc診斷功能可以採取樣本的np.array,但是,如果我理解正確的話,其他人似乎需要一個跟蹤對象。我怎樣才能將我自己的一組樣本轉換成pymc可以處理的跟蹤對象?我會很感激任何指針。

我的樣品目前存儲爲一個字典,其中每個鍵是一個變量,我和採樣點,採樣的np.array的名稱。

謝謝!

回答

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你談論batchsd功能?這是用來計算PyMC 2中的MC錯誤的函數。它位於pymc.database.base模塊中,並且可以用於任何陣列。

pymc.diagnostics模塊包含了所有的收斂診斷功能,並應numpy的數組。

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謝謝,這是非常有幫助!我錯誤地看着pymc中的stats.py中的mc_error函數,我沒有意識到它是這樣裝飾的,它首先嚐試從它傳遞的任何對象中提取跟蹤數組。我原來的問題是打算更普遍一些:鑑於pymc有這麼多功能可以處理痕跡,有沒有一種規範的方式可以讓你自己的樣本進行跟蹤,而不需要在pymc中運行mcmc? – jpmccoy