加速功能，使用在一個藍寶石電話R

Question

我有兩個向量e和g。我想知道e中的每個元素g中元素的百分比是否更小。 R中實現這一點的一種方式是：

set.seed(21) 
e <- rnorm(1e4) 
g <- rnorm(1e4) 
mf <- function(p,v) {100*length(which(v<=p))/length(v)} 
mf.out <- sapply(X=e, FUN=mf, v=g) 

隨着大e或g，這需要大量的時間來運行。我如何改變或修改這段代碼以使其運行速度更快？

注意：上面的mf函數基於dismo包中mess函數的代碼。

Answer 1

這是如此之慢的原因是因爲你打電話給你的功能length(e)次。它對於小向量沒有太大的區別，但是R函數調用的開銷真的開始與更大的向量相加。

通常情況下，你就需要把這個搬到編譯的代碼，但幸運的是，你可以使用findInterval：

set.seed(21) 
e <- rnorm(1e4) 
g <- rnorm(1e4) 
O <- findInterval(e,sort(g))/length(g) 

# Now for some timings: 
f <- function(p,v) mean(v<=p) 
system.time(o <- sapply(e, f, g)) 
# user system elapsed 
# 0.95 0.03 0.98 
system.time(O <- findInterval(e,sort(g))/length(g)) 
# user system elapsed 
#  0  0  0 
identical(o,O) # may be FALSE 
all.equal(o,O) # should be TRUE 

# How fast is this on large vectors? 
set.seed(21) 
e <- rnorm(1e7) 
g <- rnorm(1e7) 
system.time(O <- findInterval(e,sort(g))/length(g)) 
# user system elapsed 
# 22.08 0.08 22.31