我努力嘗試將來自兩個文件的部分匹配字符串組合在一起。合併部分匹配的字符串
文件1包含一個唯一字符串列表。這些字符串部分匹配的數量在文件2串如何合併文件1行與文件2每個匹配的情況下
文件1
mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239
mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660
文件2
mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGA
mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT
mmu-miR-677-5p_TTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT
mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTAC
mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTACC
期望的輸出
mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGA
mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_CTTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT
mmu-miR-677-5p_MIMAT0017239 mmu-miR-677-5p_TTCAGTGATGATTAGCTTCTGACT
mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTAC
mmu-miR-181a-1-3p_MIMAT0000660 mmu-miR-181a-1-3p_ACCATCGACCGTTGATTGTACC
我已經嘗試在R,b中使用pmatch()
不要誤會。我看起來像perl會處理?
也許是這樣的:
perl -ne'exec q;perl;, "-ne", q $print (/\Q$.$1.q;/?"$. YES":$. .q\; NO\;);, "file2" if m;^(.*)_pat1;' file1
當我從CSV文件中讀取抱怨STR不是一個特徵向量( 「?^ *(= _)」 文件1)在stri_extract_first_regex錯誤: 說法'str'應該是一個字符向量(或者一個強制對象) – user3741035
也許你應該使用'readLines'呢? – gagolews
@ user3741035你應該至少嘗試在匹配它們之前閱讀文件。這裏的答案假設你有基本的讀/寫R文件。 – agstudy