覆蓋ggplot2中兩個不同格式的qplots

Question

我有兩個散點圖，基於不同但相關的數據，使用gplot2中的qplot（）創建。 （學習ggplot不是一個優先事項，因爲qplot已經足以滿足我的需求）。我想要做的是疊加/疊加這兩個圖表，使每個x，y數據都繪製在同一個繪圖空間中。複雜的是，我希望每個情節都保留其格式/美學。

有問題的數據是來自對應分析的行和列分數 - corresp()從MASS - 因此兩個數據集之間的數據行數（即樣本或分類羣）不同。我可以輕鬆地將兩個樂譜組合在一起。要麼通過梳理兩個數據集，要麼更簡單，只需使用biplot()函數。然而，我一直在使用qplot來獲取完全按照我需要的圖形;與樣本繪製彩色編碼符號和類羣如標籤：

PlotSample <- qplot(DataCorresp$rscore[,1], DataCorresp$rscore[,2], 
        colour=factor(DataAll$ColourCode)) + 
    scale_colour_manual(values = c("black","darkgoldenrod2", 
           "deepskyblue2","deeppink2")) 

和

PlotTaxa <- qplot(DataCorresp$cscore[,1], DataCorresp$cscore[,2], 
        label=colnames(DataCorresp), size=10, geom=「text」) 

任何人都可以提出一個方法，通過該要麼

• 兩個地塊（PlotSample和PlotTaxa）可疊加在彼此之上，
• 兩個數據集（DataCorresp$rscore和DataCorresp$cscore）可以一起繪製，但是以其不同的方式格式化，或者另外的功能（例如， biplot()）可以用來實現我的目標。

  > require(MASS) 
  > require(ggplot2) 
  > alldata<-read.csv("Fake data.csv",header=T,row.name=1) 
  > selectdata<-alldata[,2:10] 
  > alldata 
        Period Species.1 Species.2 Species.3 Species.4 Species.5 Species.6 
  Sample-1 Early  50  87  97  12  60  49 
  Sample-2 Early  41  90  36  52  36  27 
  Sample-3 Early  87  56  82  45  56  13 
  Sample-4 Early  37  47  78  29  53  34 
  Sample-5 Early  58  70  34  35   8  21 
  Sample-6 Early  94  82  48  16  27  26 
  Sample-7 Early  91  69  50  57  24  13 
  Sample-8 Early  63  38  86  20  28  11 
  Sample-9 Middle   4  19  55  99  86  38 
  Sample-10 Middle  29  25  10  93  37  54 
  Sample-11 Middle  48  12  59  73  39  92 
  Sample-12 Middle  31   6  34  81  39  54 
  Sample-13 Middle  29  40  26  52  34  84 
  Sample-14 Middle   1  46  15  97  67  41 
  Sample-15 Late  43  47  30  18  60  23 
  Sample-16 Late  45  10  49   2   2  45 
  Sample-17 Late  14   8  51  36  58  51 
  Sample-18 Late  41  51  32  47  23  43 
  Sample-19 Late  43  17   6  54   4  12 
  Sample-20 Late  20  25   1  29  35   2 
        Species.7 Species.8 Species.9 
  Sample-1   41  39  57 
  Sample-2   59   4  45 
  Sample-3   10  56   5 
  Sample-4   59  30  39 
  Sample-5   9  29  57 
  Sample-6   29  24  35 
  Sample-7   22   4  42 
  Sample-8   31  19  40 
  Sample-9   17   7  57 
  Sample-10   6   9  29 
  Sample-11  34  20   0 
  Sample-12  56  41  59 
  Sample-13   6  31  13 
  Sample-14  25  12  28 
  Sample-15  60  75  84 
  Sample-16  32  69  34 
  Sample-17  48  53  56 
  Sample-18  80  86  46 
  Sample-19  50  70  82 
  Sample-20  57  84  70 
  > biplot(selectca,cex=c(0.6,0.6)) 
  > selectca<-corresp(selectdata,nf=5) 
  > PlotSample <- qplot(selectca$rscore[,1], selectca$rscore[,2], colour=factor(alldata$Period)) 
  > PlotTaxa<-qplot(selectca$cscore[,1], selectca$cscore[,2], label=colnames(selectdata), size=10, geom="text") 
  

  的雙標圖將產生該曲線：使用非常簡化的和虛構的數據集的工作流的

實施例/ R/10wk1a8/5

的PlotSample顯示爲這樣：/ R/i29cba/5

的PlotTaxa出現這樣：/ R/245bl9d/5

EDIT所以沒有足夠的代表發佈圖片和不明的鏈接（儘管https://meta.stackexchange.com/questions/60563/how-to-upload-images-on-stack-overflow）。因此，如果您將tinypic的網址添加到上面這些代碼的開頭，那麼您會到達那裏。

本質上我想創建雙色圖，但樣品顏色編碼，因爲它們在PlotSample中。

Answer 1

看看Gavin Simpsons ggvegan-package！

require(vegan) 
require(ggvegan) 
# some data 
data(dune) 

# CA 
mod <- cca(dune) 

# plot 
autoplot(mod, geom = 'text') 

爲了更好的控制（或者，如果你想堅持corresp()，你可能也想看看這兩個涉及功能fortify.cca代碼（它封裝在數據cca對象轉換爲ggplot的可用格式）和autoplot.cca來創建繪圖。要從頭開始做

我，你要這兩個分數（站點和物種）包裝成一個 data.frame（怎麼看fortify.cca這是否從corresp()對象中提取相關的值）和用它來建立情節。