R包開發：從一個包中重寫一個函數與另一個函數？

我目前正在開發兩個包，下面是一個簡化版本我的問題：R包開發：從一個包中重寫一個函數與另一個函數？

在包AI有一些功能（說「sum_twice」），我也呼籲包內的另一個功能（說「slow_sum」）。然而，在包B，我寫了另一個函數（比如「fast_sum」），與我希望在包A.替換速度慢功能現在

，如何管理這個「slow_sum的「覆蓋」「功能與」fast_sum「功能？

下面是這些功能的一個簡單的例子（只是爲了說明）：

############################ 

############## 
# Functions in package A 

slow_sum <- function(x) { 
sum_x <- 0 
for(i in seq_along(x)) sum_x <- sum_x + x[i] 
sum_x 
} 

sum_twice <- function(x) { 
x2 <- rep(x,2) 
slow_sum(x2) 
} 

############## 
# A function in package B 
fast_sum <- function(x) { sum(x) } 

############################

如果我只有這樣做slow_sum <- fast_sum，這是行不通的，因爲「sum_twice」使用「slow_sum」從命名空間包A的

予加載包「B」時，使用下面的函數嘗試：

assignInNamespace(x = "slow_sum", value = B:::fast_sum, ns = "A")

這indee d工作，但是，它使得CRAN檢查同時返回的NOTE，我不應該使用「:::」，並且還會使用assignInNamespace （因爲它應該不是很安全）。

但是，我不知所措。有什麼辦法讓「sum_twice」使用「fast_sum」而不是「slow_sum」？

感謝您前期的任何意見或建議，與問候，塔爾

PS：這是一個雙崗from here.

UDPATE：動機這個問題

我正在開發兩個軟件包，一個完全基於R，工作正常（但有點慢），它是dendextend（現在在CRAN上）。另一個是通過使用Rcpp來加速第一個包（這是在github上的dendextendRcpp）。第二個包通過覆蓋第一個包使用的一些基本功能來加速第一個包。但爲了讓第一個包中的高級函數能夠使用第二個包中的低級函數，我必須使用assignInNamespace，它會導致CRAN拋出警告+ NOTES，這會導致包被CRAN拒絕（直到這些警告將會避免）。

問題是我不知道如何解決這個問題。我能想到的唯一解決方案是將兩個軟件包混合在一起（使其更難維護，並且會自動需要更大的依賴性結構以供請求使用軟件包的人員使用）。另一個選擇是將dendextend中的更高級別的功能粘貼到dendextendRcpp，從而使其隱藏其他功能。但是我覺得這樣做不那麼優雅（因爲這意味着我需要複製粘貼許多功能，強制更多的雙代碼維護）。任何其他想法？謝謝。

來源

2014-02-20 Tal Galili

即使你找到一個方法來做到這一點，CRAN會返回某種警告或錯誤：否則您的軟件包將能夠更改任何其他已加載軟件包的底層功能。 –

你爲什麼想要這樣做？ – hadley

哈德利 - 我已經更新了動機的問題。謝謝你看看。 –

我結束了使用（感謝烏韋和庫爾特）解決方案，採用「本地」創建與封裝選項的局部環境。如果你好奇，該功能被稱爲「dendextend_options」，並且是在這裏： https://github.com/talgalili/dendextend/blob/master/R/zzz.r

下面是其使用的例子：

dendextend_options <- local({ 
    options <- list() 
    function(option, value) { 
     #   ellipsis <- list(...)   
     if(missing(option)) return(options) 

     if(missing(value)) 
     options[[option]] 
     else options[[option]] <<- value 
    } 
}) 
dendextend_options("a") 
dendextend_options("a", 1) 
dendextend_options("a") 
dendextend_options("a", NULL) 
dendextend_options("a") 
dendextend_options()

來源

2014-03-15 13:16:24

我們可以把這個sum_twice：

my_sum_ch <- getOption("my_sum", if ("package:fastpkg" %in% search()) 
         "fast_sum" else "slow_sum") 
my_sum <- match.fun(my_sum_ch)

如果"my_sum"選項進行設置，那麼的my_sum該版本將被使用，如果沒有它將使基於與否fastpkg的決定已經被加載。

來源

2014-02-21 10:37:46

R包開發：從一個包中重寫一個函數與另一個函數？

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