Perl：子程序的第一個參數不是類

我對Perl比較陌生，所以請耐心等待。Perl：子程序的第一個參數不是類

我的子getGenes在類SequenceModule中調用getFeaturesByGeneName。第一個循環運行良好，但在第二個循環中，它試圖調用字符串$ name上的get_SeqFeatures（一個BioPerl子），這意味着它跳過了我的$ self = shift。

我錯過了什麼？

sub getGenes 
{ 
    my @names = shift; 
    my $genome = shift; 
    my @cds; 

    foreach my $name (@names) 
    { 
     my $feat = SequenceModule -> getFeatureByGeneName($genome, $name); 
     push (@cds, $feat); 
    } 

    return @cds; 
}

...

sub getFeatureByGeneName 
{ 
    my $self = shift; 

    my $seq = shift; 
    my $name = shift; 

    my @cds = $seq -> get_SeqFeatures("CDS"); 

    ... 
}

來源

2015-05-27 WalterWhite

請說明。你只顯示一個循環。你期望什麼行爲？ – choroba

另外，你如何調用'getGenes'？ – choroba

'my @names = shift;'看起來很腥;它只會有一個元素。你可能想要更多的東西在'my（$ genome，@names）= @_;'的行上。 – Slade

猜測：你叫getGenes有好幾個名字：

getGenes(('name1', 'name2'), $genome);

列表不嵌套在Perl，所以參數被夷爲平地：

getGenes('name1', 'name2', $genome);

shift不能返回多個元素。因此，

my @names = shift;

相當於

my @names; 
$names[0] = shift;

第二個名稱仍處於@_，所以它去$genome：

my $genome = shift;

如果你需要一個列表傳遞給子，使其成爲最後一個參數，或發送參考：

sub getGenes { 
    my $genome = shift; 
    my @names = @_; 
} 
getGenes($genome, 'name1', 'name2'); 

# OR 

sub getGenes { 
    my $names = shift; 
    my $genome = shift; 
    for my $name (@$names) { # dereference 
     ... 
    } 
} 
getGenes(['name1', 'name2'], $genome);

來源

2015-05-27 15:14:20 choroba

我通過列表作爲最後一個參數，它的工作原理。非常感謝。 – WalterWhite

Perl：子程序的第一個參數不是類

回答

相關問題