將變量傳遞給python的蝴蝶結

Question

我想將一個輸入fasta文件存儲在一個變量中，比如從Python到bowtie，並將輸出寫入另一個out_a。我想用 使用os.system（「領結[選項] inp_a OUT_A」） 你能幫我

Answer 1

你的問題問的兩件事情，至於我可以告訴大家：將數據寫入到磁盤中，並調用了來自Python內部的外部程序。沒有更詳細的要求，這裏是我會寫：

import subprocess 

data_for_bowtie = "some genome data, lol" 

with open("input.fasta", "wb") as input_file: 
    input_file.write(data_for_bowtie) 

subprocess.call(["bowtie", "input.fasta", "output.something"]) 

這裏有一些細節我已經假設。我假設你的意思是bowtie，讀取對齊器。我假設你的文件是一個二進制的，非人類可讀的文件（這就是爲什麼的第二個參數中有b），並且我正在命令行上對bowtie進行無謂的假設，因爲我'沒有足夠的動力去花時間學習它。

有希望的是，它提供了一個起點。祝你好運！