來自列比較的交叉表

我有一個數據框，我希望在每個列的值之間進行配對比較。最終，我的目標是獲得比較的交叉製表，其中每個值代表比較列中樣本之間的相似性百分比。對於複製和我迄今嘗試：來自列比較的交叉表

a <- c(1:30) 
b <- c(30:1) 
c <- c(1:10,30:11) 
data <- as.data.frame(matrix(c(a,b,c), ncol = 3, nrow = 30)) 

fr<-apply(combn(1:length(data), 2), 2, function(x) { 
result <- as.data.frame(table(
    factor(sign(data[,x[1]] - data[,x[2]]), levels=c(0), labels=c("Fr")) 
)) 
colnames(result)[1] <- paste(x, collapse="|") 
return(result) 
}) 
fr # returns a list of each comparison, with its respective similarity count 

a<-sapply(fr, unlist) # My attempt to get a dataframe/matrix of the results 
t(a) 

    t(a); sapply(fr, unlist); do.call(cbind, fr) # I get different arrangements, but none in the form: 

    1|2  0 
    1|3  10 
    2|3  0

有一次，我在該格式得到數據幀，它會變得更加直截了當地得到一個交叉表，

 V.1 V.2 V.3 
V.1 - 
V.2 0 - 
V.3 10 0 -

這是我最終會尋找，儘管交叉表中的值將是#/nrow以獲得相應的百分比值。我不知道如果我要對這個錯誤的方式，但任何輸入，將不勝感激

來源

2014-09-13 user2507608

你可以試試：

Cmbn <- combn(seq_along(data),2) 
nm1 <- apply(Cmbn, 2, paste, collapse="|") 

f1 <- setNames(
      apply(Cmbn, 2, function(x) { 
       x1 <- sign(data[,x[1]]- data[,x[2]]) 
       table(factor(x1, levels=0, labels="Fr")) #not sure why you wanted a label "Fr" as it didn't appear in the results 
          }), 
           nm1) 

    f1 
    #1|2 1|3 2|3 
    #0 10 0 


names1 <- paste("V", 1:3, sep=".") 
m1 <- matrix(0, 3,3, dimnames=list(names1, names1)) 
m1[paste(col(m1), row(m1), sep="|") %in% names(f1)] <- f1 
d1 <- as.data.frame(m1) 
d1[upper.tri(d1, diag=TRUE)] <- "-" 
d1 
# V.1 V.2 V.3 
#V.1 - - - 
#V.2 0 - - 
#V.3 10 0 -

來源

2014-09-13 16:06:09 akrun

'combn'有一個'FUN'參數，所以你也可以做' （combn（seq_along（data），2，FUN = function（x）table（factor（sign（data [，x [1]] - data [，x [2]]），levels = 0，labels = paste（ x [1]，x [2]，sep =「|」））），simplify = FALSE））'到達「f1」。 – A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1 2014-09-13 18:46:37

@Ananda Mahto感謝您的評論 – akrun 2014-09-14 03:53:17

來自列比較的交叉表

回答

相關問題