無法使用打印語句寫入文件

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在這裏我做了一個簡單的程序，通過一個文本文件，其中包含一些細菌基因組中的基因，包括編碼這些基因的氨基酸（明確使用更合適？）我非常依賴Biopython中的模塊。無法使用打印語句寫入文件

這在我的Python shell中運行良好，但我無法將它保存到文件中。

這工作：

import Bio 
from Bio import SeqIO 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 
from Bio.SeqUtils import GC 
from Bio.SeqUtils import ProtParam 
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"): 
    identifier=record.id 
    length=len(record.seq) 
    print identifier, length

但這並不：

import Bio 
from Bio import SeqIO 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 
from Bio.SeqUtils import GC 
from Bio.SeqUtils import ProtParam 
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"): 
    identifier=record.id 
    length=len(record.seq) 
    print identifier, length >> "testing.txt"

也不是這：

import Bio 
from Bio import SeqIO 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 
from Bio.SeqUtils import GC 
from Bio.SeqUtils import ProtParam 
f = open("testingtext.txt", "w") 
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"): 
    identifier=record.id 
    length=len(record.seq) 
    f.write(identifier, length)

也不是這：

import Bio 
from Bio import SeqIO 
from Bio.Seq import Seq 
from Bio.Alphabet import IUPAC 
from Bio.SeqUtils import GC 
from Bio.SeqUtils import ProtParam 
f = open("testingtext.txt", "w") 
for record in SeqIO.parse("RTEST.faa", "fasta"): 
    identifier=record.id 
    length=len(record.seq) 
    f.write("len(record.seq) \n")

來源

2014-04-24 Jackie

你說他們不工作;他們在做什麼？ – jonrsharpe

前兩個不會打印到文件，因爲第一個將打印到stdout，而'>>是在python中的一個位移操作。其他兩種方法應該。請注意，示例代碼的最後一行將'len（record.seq）\ n'寫入您的文件，而不是數字的實際長度。你有什麼錯誤嗎？ – msvalkon

@msvalkon第三個會崩潰，因爲f.write只接受一個必須是字符串的參數。嘗試f.write（'{0}，{1}'.format（identifier，length））。另外，不要忘記關閉文件（或與之一起使用）。 – AMacK

你的問題是寫在一般的文件。

幾個樣品：

fname = "testing.txt" 
lst = [1, 2, 3] 
f = open(fname, "w") 
    f.write("a line\n") 
    f.write("another line\n") 
    f.write(str(lst)) 
f.close()

f.write需要字符串作爲要寫入的值。

做同樣的使用情況管理器（這似乎是最Python化，學習這種模式）：

fname = "testing.txt" 
lst = [1, 2, 3] 
with open(fname, "w") as f: 
    f.write("a line\n") 
    f.write("another line\n") 
    f.write(str(lst)) 

# closing will happen automatically when leaving the "with" block 
assert f.closed

你也可以使用所謂的印刷字形語法（對於Python 2.x的）

fname = "testing.txt" 
lst = [1, 2, 3] 
with open(fname, "w") as f: 
    print >> f, "a line" 
    print >> f, "another line" 
    print >> f, lst

print在這裏做了一些額外的事情 - 在最後添加換行符並將非字符串值轉換爲字符串。

在Python 3.x的印刷有不同的語法，因爲它是普通函數

fname = "testing.txt" 
lst = [1, 2, 3] 
with open(fname, "w") as f: 
    print("a line", file=f) 
    print("another line", file=f) 
    print(lst, file=f)

來源

2014-04-24 22:19:40

謝謝，你的正確，這會給我一些通用的文件知道如何 - 我掛上的東西是如何讓我的輸出寫入，（而不是我手動輸入的東西）。就我而言，這將是一個標識符，長度爲幾百個基因，全部在一個.fasta文件中找到。輸出工作正常，只是打印，列表只是向下滾動屏幕......但我不知道如何將其保存到文件！我很抱歉，我知道這可能是非常簡單和基本的，但我很新，這個網站被證明是一個很好的資源。 – Jackie

@Jackie你想打印你的變量中的一些數據，可能是在一些循環中生成的。因此，您首先將變量轉換爲一個字符串，然後將其放入一個文件中，然後調用'f.write（that_string）'或使用另一種方法，如上所示。 –

無法使用打印語句寫入文件

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