MATLAB讀取一個pdb文件的特定字段

Question

我必須在MATLAB中進行編碼。我的問題是我想提取某些原子的座標，僅對應於PDB文件中的某些殘基。例如，我想提取PDB文件中存在的所有丙氨酸的CA原子的座標。我嘗試使用find（strcmp（atoms，'CA'）），但它給我所有的CA原子，而不是CA的丙氨酸。如何在MATLAB中解決這個問題？請幫助。謝謝。

Answer 1

我所知道的關於PDB的文件是我今天在http://www.wwpdb.org/index和這裏（http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/v3.3.html）讀到的。

我已經使用MatLab提供的示例幫助閱讀PDB文件。

根據從PDB文件讀取的數據結構和文件格式的描述，在我看來，您要查找的數據包含在Model.Atom字段中。

更確切地說（glf是結構由pdbread函數讀取的名稱）：

gfl.Model.Atom(:).AtomName 
gfl.Model.Atom(:).resName 
gfl.Model.Atom(:).X 
gfl.Model.Atom(:).Y 
gfl.Model.Atom(:).Z 

如果是這樣，爲了識別原子「CA」的Alcaline您可以使用find和strcmp組合功能如下：

pos=find(strcmp({gfl.Model.Atom(:).AtomName},'CA') & ... 
    strcmp({gfl.Model.Atom(:).resName},'ALA')) 

輸出數組pos包含你正在尋找的原子的索引。

要提取的座標，那麼你可以使用該指標如下：

X=[gfl.Model.Atom(pos).X] 
Y=[gfl.Model.Atom(pos).Y] 
Z=[gfl.Model.Atom(pos).Z] 

您可以通過定義「凌動名」和殘渣名作爲參數，使更多「一般」的代碼。

在以下內容中，您可以根據MatLab提供的示例文件找到完整的腳本。

% Generate a PDB file (example from MatLab help) 
gfl = getpdb('1GFL','TOFILE','1gfl.pdb') 
% Read the PDB file 
gfl = pdbread('1gfl.pdb') 


% Define the Atom Name 
atom_name='CA'; 
% Define the Residue Name 
res_name='ALA'; 
% Search for the couple "Atom name - Residue Name" 
pos=find(strcmp({gfl.Model.Atom(:).AtomName},atom_name) & ... 
    strcmp({gfl.Model.Atom(:).resName},res_name)) 

% Extract the coordinates of the Atoms matching the search criteria 
X=[gfl.Model.Atom(pos).X] 
Y=[gfl.Model.Atom(pos).Y] 
Z=[gfl.Model.Atom(pos).Z] 

希望這有助於。