從催化劑控制器調用子程序

Question

我正在致力於催化劑設計數據庫的前端。我是perl和催化劑的新手。我在控制器中遇到了一個錯誤。

我想從一個表中獲取基因名稱，並將每個基因名稱傳遞給子程序gene_name（調用子程序gene_name），該子程序將執行某些功能。我有些如何獲取帶有基因名稱的列，但它們是以其他表的哈希引用的形式存在的。我對gene_name的調用不起作用。

任何想法如何將值傳遞給子例程而不是引用？ 我的代碼如下：

my @gene_list = $c->model('Gene::GeneTable')->search({  
},{ 
       column =>[qw/symbol/], 
} 
); 
foreach my $gene (@gene_list){ 
push @gene_aliases, &gene_name($gene); 
} 

我執行的代碼後得到的錯誤如下：

DBIx::Class::ResultSet::find(): Can't bind a reference (MyApp::Model::Gene::GeneTable=HASH(0x7ff6d88b7c58)) 

修訂

我gene_name（）子程序是在另一個模塊我已經包含在控制器中。現在我已經（在控制器）改變for循環如下，目前它正在通過基因名gene_name（）獲取別名（但查詢保持不變）：

foreach my $gene (@gene_list){ 
push @gene_aliases, &gene_name($gene-> symbol); 
} 

我訪問的@gene_aliases我查看文件如下：

[% FOREACH g in gene_aliases -%] 
[% g %] 
[% END -%] 

上述代碼是獲取哈希引用而不是頁面中的名稱。我無法在網頁上顯示基因名稱。如果我在for循環中給出[％g.symbol％]，那麼頁面將是空的，沒有錯誤消息。希望這將是用於回答我的問題的足夠信息。如果沒有，我會詳細說明。

我的SQL查詢如下：提前

UPDATED2

Select Symbol from GeneTable; 

感謝正如我不是一個全職程序員，我問的博客這些問題。請幫我解決我的問題。如果萬一我有搜索表單從用戶獲取基因名稱，並且此基因名稱必須傳遞給gene_name（）子例程，那麼如何將此（傳遞給控制器​​以及如何調用gene_name（））。請幫助我解決這個問題。 我在view.tt形式如下：

<form method="post" action "[% c.uri_for('/gene')%]"> 
<input type="text" name="search_alias"> 
<input type="submit" name="alias_search" value="Search"> 
</form> 

我所有的別名叫做別名另一個表，這是在gene_name被用於（）子程序。

Answer 1

要麼gene_name()函數需要期望一個GeneTable對象被傳遞給它，或者你可以這樣調用它：gene_name($gene->symbol)。

說了這麼多，基於您提供的信息有限，控制器看起來並不適合這個地方。

這將使很多更有意義gene_name爲Gene::GeneTable本身就是一種方法，即：

package GeneTable; 

... 

sub gene_name { 
    my $self = shift; 
    my $gene_name = ... # do something with $self->symbol 
    $gene_name 
} 

... 

從而使->gene_name方法，可以在任何情況下任何GeneTable對象。

UPDATE以下OP的初始兩點評論

聽起來gene_name()（其可能應該被稱爲gene_aliases()）是一個基因對象的方法。將這樣的轉換放到Controller中並不符合良好的MVC理念。

大概你有模型代碼的地方 - 我的應用程序/型號/基因/最有可能 - 和這個子應該存在Gene/GeneTable.pm內。在你的模板

[%- FOREACH g IN gene_list -%] 
    [% g.symbol %]<br/><ul> 
    [%- FOREACH gn IN g.gene_name -%] 
    <li>[% gn %]</li> 
    [%- END -%] 
    </ul> 
[%- END -%] 

，和其他地方你有GeneTable對象或集合物：然後，你可以這樣使用它。

更新＃2下面的更新問題

DBIx:Class稱爲在列表環境，你做的時候會返回對象的數組。也許你需要添加一些Data::Dumper->Dumper()調用來處理每一步返回給你的內容。

我建議您在通話後添加以下行立即到->search()：

$c->log->debug("gene_list contains: ", Data::Dumper->Dumper(\@gene_list)); 

...並可能爲@gene_aliases相當於調試你已經填充的後。

這可能會讓您更清楚地瞭解您從搜索中恢復的內容，但我猜測您會收到Gene::GeneTable對象。