運行時鏈接程序忽略solaris上可執行文件中的RPATH

Question

我試圖在沒有root的Solaris服務器上編譯samtools。 Samtools依賴於zlib。此機器上的系統zlib未編譯時支持大文件，因此針對此版本編譯samtools具有預期的效果：samtools僅處理小文件。我需要它能夠處理大文件。幸運的是，有一個由admin在/usr/local/apps/zlib-1.2.5/編譯的zlib版本，支持大文件。我可以通過向CFLAGS添加-R /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib來對此進行編譯，但這似乎不起作用。症狀如下：

當我嘗試運行samtools，它與此錯誤崩潰：

ld.so.1: samtools: fatal: relocation error: file samtools: symbol gzopen64: referenced symbol not found 

如果我添加/usr/local/apps/zlib-1.2.5/到LD_LIBRARY_PATH，然後samtools工作正常。

與LDD分析samtools和readelf產生如下：

$ ldd -r samtools 
     libnsl.so.1 => /usr/lib/libnsl.so.1 
     libsocket.so.1 =>  /usr/lib/libsocket.so.1 
     libresolv.so.2 =>  /usr/lib/libresolv.so.2 
     libm.so.2 =>  /usr/lib/libm.so.2 
     libcurses.so.1 =>  /usr/lib/libcurses.so.1 
     libz.so =>  /usr/lib/libz.so 
     libc.so.1 =>  /usr/lib/libc.so.1 
     libmp.so.2 => /usr/lib/libmp.so.2 
     libmd.so.1 => /usr/lib/libmd.so.1 
     libscf.so.1 => /usr/lib/libscf.so.1 
     libdoor.so.1 => /usr/lib/libdoor.so.1 
     libuutil.so.1 =>   /usr/lib/libuutil.so.1 
     libgen.so.1 => /usr/lib/libgen.so.1 
     symbol not found: gzopen64    (samtools) 

$ ldd -s samtools 

    ...(snip)... 

    find object=libz.so; required by samtools 
    search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib (LD_LIBRARY_PATH) 
    trying path=/usr/lib/libz.so 
     libz.so =>  /usr/lib/libz.so 

    ...(snip)... 

$ readelf -d samtools | grep RPATH 
0x0000000f (RPATH)      Library rpath: [/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib:/usr/local/apps/gcc-4.5.1/lib] 

所以/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib顯然是二進制的RPATH，我的理解是應該在運行時共享庫​​進行搜索。但是，ldd -s顯示該目錄從不被搜索。將此路徑添加到LD_LIBRARY_PATH並重新運行ldd命令具有預期的效果：搜索目錄並找到正確版本的libz。

那麼如何在不使用LD_LIBRARY_PATH的情況下強制samtools在運行時在/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib中搜索？

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編輯：文檔here似乎表明-R選項是做正確的事。但它不起作用。

Answer 1

我絕不是在Solaris的專家，但此行：

find object=libz.so; required by samtools 
search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib (LD_LIBRARY_PATH) 

似乎表明，我認爲LD_LIBRARY_PATH已經設置，並在它的/usr/lib路徑優先於任何運行時鏈接路徑。如果LD_LIBRARY_PATH實際上存在，並且看看是否能解決它，你能否取消設置LD_LIBRARY_PATH？