Knitr：將塊代碼輸出重定向到終端

我想監視嵌入在knitr文件中的一些非常冗長的並行計算。Knitr：將塊代碼輸出重定向到終端

計算依賴於我編寫的程序包，相關函數使用來自多核的包中的mclapply進行並行化。此函數輸出進度條以監視計算的進度，使用稍微修改的txtProgressBar的實用程序包。進度條被打印到終端並且每次迭代mclapply完成時通過fifo連接進行更新。

當從文件中獲取或直接調用函數時，此工作正常，但是我發現無法使其在knitr中工作。我已經嘗試了相關的塊選項，我可以將消息和警告重定向到終端，但不是進度條。誰能幫忙？

對不起，沒有提供一個最小的工作示例，但我沒有看到我怎麼能在這個設置。

來源

2013-11-15 Pepin_the_sleepy

因爲txtProgressBar()寫入到標準輸出，而knitr捕獲標準輸出中的所有內容，因此目前如果它是基於文本並寫入標準輸出的話，顯示進度條並不容易。也許我可以在內部使用evaluate::evaluate(debug = TRUE)來實現您想要的效果，但我不完全確定它是否適用於文本進度條。

我當時的建議是：

使用像tcltk::tkProgressBar()

基於GUI的進度條寫進度到其他地方，例如使用stderr

```{r progress} 
pb = txtProgressBar(min = 0, max = 100, file = stderr()) 
for (i in 1:100) { 
    setTxtProgressBar(pb, i) 
    Sys.sleep(0.05) 
} 
close(pb) 
```

或使用功能的代碼塊外的，例如（AB）在內嵌式（如在荷廣\Sexpr{my_multicore_function()}或`r my_cool_fun()`在RMD），因爲行內評價不捕獲標準輸出

來源

2013-11-16 21:20:05

感謝您的回覆@Yihui，我希望你能放下！我會沿着第一條建議嘗試一些，第二條意味着放棄緩存計算的能力。除了多核問題之外，您是否知道有任何方法可以監視塊內進行的計算狀態？ –

也許您可以將進度寫入其他位置，例如在文件中：'txtProgressBar（...，file ='progress_temp.txt'）'。或者寫給stderr。我會更新我的答案。 –

感謝'StdErr（）'破解，簡單實現並創造奇蹟。雖然我在這上面，但謝謝你，這是我每天使用的一個很棒的工具。 –

讀了點關於打印進度條一輝的回答標準錯誤，我建議暫時重定向stdout到stderr與sink()。

sink(stderr()) 

your_code() 

sink()

來源

2017-01-28 03:33:40 konstunn

Knitr：將塊代碼輸出重定向到終端

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