如何找出在R中加載哪個軟件包版本？

Question

我正在研究如何使用我的大學集羣。它有2個版本的R安裝。系統範圍R 2.11（Debian 6.0）和R 2.14.2非標準位置。

我正在嘗試將MPI與雪一起使用。我試圖運行的代碼如下

library(snow) 
library(Rmpi) 
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1) 
stopCluster(cl) 
mpi.quit() 

它在R 2.11中沒有問題。 （我用mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R啓動腳本）。現在，當我嘗試有R 2.14.2做到這一點，我得到以下信息：

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1 
In addition: Warning message: 

因此，似乎是R編譯加載的R 2.11包雪版本。我[R 2.14下安裝到雪我家的文件夾，並添加以下行到我的代碼：

.libPaths("/soft/R/lib/R/library") 
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11") 
print(.libPaths()) 
print(sessionInfo()) 
print(version) 

和錯誤前的輸出證實我確實運行v 2.14.2和我的R封裝文件夾首先在搜索路徑中。但我仍然得到錯誤。

所以我的問題是如何確定在R中加載哪個版本的軟件包？我可以看到installed.packages所有已安裝的軟件包，所以也許有一些函數列出了加載軟件包的類似信息？

Answer 1

您可以使用sessionInfo()來完成此操作。

> sessionInfo() 
R version 2.15.0 (2012-03-30) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=C     LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] graphics grDevices utils  datasets stats  grid  methods base  

other attached packages: 
[1] ggplot2_0.9.0 reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] colorspace_1.1-1 dichromat_1.2-4 digest_0.5.2  MASS_7.3-18  memoise_0.1  munsell_0.3  
[7] proto_0.3-9.2  RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0  stringr_0.6  
> 

然而，按照意見和下面的答案，有更好的選擇

> packageVersion("snow") 

[1] '0.3.9'

或者：

"Rmpi" %in% loadedNamespaces() 

Answer 2

要檢查R的版本執行：R --version

或者你是在R後殼打印version$version.string

編輯

的內容，檢查安裝的軟件包的版本，請執行下列操作。

加載庫後，就可以執行sessionInfo()

但要知道所有已安裝包的列表：

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version")) 
packinfo[,c("Package", "Version")] 

或提取特定庫版本，一旦你提取使用的信息installed.package函數如上只是在矩陣的第一維中使用包的名稱。

packinfo["RANN",c("Package", "Version")] 
packinfo["graphics",c("Package", "Version")] 

上面將打印RANN庫和圖形庫的版本。

Answer 3

您可以使用packageVersion看什麼版本的包被加載

> packageVersion("snow") 
[1] ‘0.3.9’ 

雖然這聽起來像你想看到你正在運行的R版本，在這種情況下，@賈斯汀的sessionInfo建議是這樣的去

Answer 4

你可以嘗試這樣的事情：

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Answer 5

使用下面的代碼，即可獲得系統中安裝的R程序包的版本：

installed.packages(fields = c ("Package", "Version")) 

Answer 6

根據前面的答案，這裏是印刷的一個簡單的替代方法R版本，隨後是名稱空間中加載的每個軟件包的名稱和版本。它在Jupyter筆記本上工作，在那裏我遇到了運行sessionInfo()和R --version的麻煩。

print(paste("R", getRversion())) 
print("-------------") 
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) { 
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name))) 
} 

日期：

[1] "R 3.2.2" 
[1] "-------------" 
[1] "AnnotationDbi 1.32.2" 
[1] "Biobase 2.30.0" 
[1] "BiocGenerics 0.16.1" 
[1] "BiocParallel 1.4.3" 
[1] "DBI 0.3.1" 
[1] "DESeq2 1.10.0" 
[1] "Formula 1.2.1" 
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1" 
[1] "GenomicRanges 1.22.3" 
[1] "Hmisc 3.17.0" 
[1] "IRanges 2.4.6" 
[1] "IRdisplay 0.3" 
[1] "IRkernel 0.5" 

Answer 7

使用R方法packageDescription獲取安裝的軟件包描述和版本只使用$Version爲：

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version 
[1] "1.1-6" 

Answer 8

從技術上來講，所有的答案在這一次是錯誤的。 packageVersion不會返回已加載軟件包的版本。它進入磁盤，並從那裏獲取軟件包版本。

這在大多數情況下都沒有什麼不同，但有時候確實如此。據我所知道的，只有這樣，才能得到一個加載包的版本是相當的hackish：

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]] 

其中pkg是軟件包的名稱。

編輯：我不知道什麼時候加入這個功能，但你也可以使用getNamespaceVersion，這是清潔：

getNamespaceVersion(pkg) 

Answer 9

的GUI解決方案：

如果您正在使用RStudio那麼你可以檢查Packages窗格中的軟件包版本。

Answer 10

搜索（）可以給出附加包的更簡化的列表在一個會話（即，沒有通過sessionInfo（）給出的詳細信息）

搜索{鹼} - R的文檔
描述：給出一個附件包列表。Search()

search() 
#[1] ".GlobalEnv"  "package:Rfacebook" "package:httpuv" 
#"package:rjson"  
#[5] "package:httr"  "package:bindrcpp" "package:forcats" # 
#"package:stringr" 
#[9] "package:dplyr"  "package:purrr"  "package:readr"  
#"package:tidyr"  
#[13] "package:tibble" "package:ggplot2" "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"  
#[17] "package:stats"  "package:graphics" "package:grDevices" 
#"package:utils"  
#[21] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   
#"package:base"