如何從CONDOR獲取排隊編號到您的R作業

我想我有一個簡單的問題，因爲我在上下查找互聯網，找不到其他人問這個問題：我的大學有一個Condor set-向上。我想運行幾次相同的代碼（例如100次）。我R代碼裏面有一個程序存儲在一個文件中的結果，即：如何從CONDOR獲取排隊編號到您的R作業

write.csv(res, file=paste(paste(paste(format(Sys.time(), '%y%m%d'),'res', queue, sep="_"), sep='/'),'.csv',sep='',collapse=''))

資源是我的結果（一data.frame），我表明，該文件包含有「資源」的結果，最後我想添加此計算的隊列號（否則文件將被替換，是不是？）。它應該看起來像：140109_res_1.csv，140109_res_2.csv，...

我提交文件，禿鷹是這樣的：

universe = vanilla 
executable = /usr/bin/R 
arguments = --vanilla 
log = testR.log 
error = testR.err 
input = run_condor.r 
output = testR$(Process).txt 
requirements = (opsys == "LINUX") && (arch == "X86_64") && (HAS_R_2_13 =?= True) 
request_memory = 1000 
should_transfer_files = YES 
transfer_executable = FALSE 
when_to_transfer_output = ON_EXIT 
queue 3

我不知道我怎麼得到「排隊」號進入我的[R碼？我試了一個簡單的例子

print(queue) 
print(Queue)

但是沒有找到對象叫做隊列或隊列。有什麼建議麼？祝福， Marco

來源

2014-01-09 Marco Smolla

如何使用for循環重複該代碼，然後在名稱中添加'i'。我使用的其他選項是將時間添加到文件名中，這樣我就知道哪一個是在哪一個之前創建的（儘管它在文件的屬性中），並且我得到了不被覆蓋的不同文件。 – Llopis

好的，也許是一個錯誤的想法。我有一個計算循環和內部的一切（不能是子集），我想重複這個計算N次。因此，我想我會告訴condor在N臺機器上執行這個操作（使用'queue N'）。這是錯誤的方式？ –

對不起，我想我誤解了這個問題，代碼是關於'condor'不是R，雖然它運行了一個R程序。關於它我不禁幫助我也對從另一種語言的輸入感興趣到R ... – Llopis

好的，我解決了這個問題。這是怎麼回事：

我不得不改變我的提交文件。我改變了時隙參數：

參數= --vanilla --args $（處理）
現在進程號被轉發到R代碼。在那裏你可以用下面一行來檢索它。該值將被存儲爲一個字符。因此，您應該將其轉換爲數字值（同時檢查像10這樣的數字是否傳遞爲'1'和'0'，在這種情況下，您還應該摺疊這些值）。

運行< - commandArgs（TRUE）

這裏是我讓運行的代碼的一個例子。

> run <- commandArgs(TRUE) 
> run 
[1] "0" 
> class(run) 
[1] "character" 
> try(as.numeric(run)) 
[1] 0 
> try(run <- as.numeric(paste(run, collapse=''))) 
> try(print(run)) 
[1] 0 
> try(write(run, paste(run,'csv', sep='.')))

您還可以找到信息如何在變量/參數傳遞給您的代碼在這裏：http://research.cs.wisc.edu/htcondor/manual/v7.6/condor_submit.html

我希望這可以幫助任何人。歡呼和感謝所有其他評論者！ Marco

來源

2014-01-09 12:21:21

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