如何使用朱莉婭

我基本上是試圖解決這個問題，以替換字符串中的幾個字符：http://rosalind.info/problems/revc/如何使用朱莉婭

我想替換A，C，G，T所有出現的他們的讚美T，G，C ，A ..換句話說，所有的A將被替換爲T，所有的C都帶有G's等。

我以前用replace()函數用'U'替換所有出現的'T'，並且希望替換函數會將字符列表替換爲另一個字符列表，但我無法使其工作，因此它可能不具備該功能。

我知道我可以很容易地解決這個使用BioJulia包，這樣做是使用以下：

# creating complementary strand of DNA 
# reverse the string 
# find the complementary nucleotide 
using Bio.Seq 
s = dna"AAAACCCGGT" 

t = reverse(complement(s)) 

println("$t")

但我想不必靠包。

下面是我到目前爲止的代碼，如果有人能夠引導我走向正確的方向，那將是偉大的。

# creating complementary strand of DNA 
# reverse the string 
# find the complementary nucleotide 

s = open("nt.txt") # open file containing sequence 

t = reverse(s) # reverse the sequence 

final = replace(t, r'[ACGT]', '[TGCA]') # this is probably incorrect 
# replace characters ACGT with TGCA 

println("$final")

來源

2016-03-03 System

似乎replace目前還不做翻譯很喜歡，比方說，在猛砸tr。因此，相反，這裏有幾個使用字典映射代替的辦法（在BioJulia包也似乎使類似用途詞典）：

compliments = Dict('A' => 'T', 'C' => 'G', 'G' => 'C', 'T' => 'A')

那麼如果str = "AAAACCCGGT"，你可以使用join這樣的：

julia> join([compliments[c] for c in str]) 
"TTTTGGGCCA"

另一種方法可以是使用功能和map：

function translate(c) 
    compliments[c] 
end

然後：

julia> map(translate, str) 
"TTTTGGGCCA"

字符串是Julia中的可迭代對象;這些方法中的每一個依次讀取一個字符，c，並將其傳遞給字典以獲取免費角色。 A 新字符串是由這些免費字符構建的。

Julia的字符串也是不可變的：你不能在適當的位置交換字符，而是需要建立一個新的字符串。

來源

2016-03-03 21:11:40

當我提供str =「AAACCCGGT」時，此功能完美無缺，但如果我嘗試打開文件並以這種方式獲取字符串，我會在'dict'中找到getindex中未找到的錯誤。另外，你能否詳細介紹底部的功能如何解決我的問題？索引字典如何改變我的字符串？我現在正在讀Mastering Julia，但只有幾章，並且昨天剛剛拿起了Julia，所以雖然我明白了一點，但我仍然對一些機制很陌生，這是一個。 – System

Regaridng錯誤，這可能是你從文件中讀取換行符。這些不是由字典映射，所以出現錯誤。你可以嘗試'map（translate，readchomp（s））'。 –

'map（translate，str）'將基於str返回一個新的翻譯後的字符串，同樣'replace（str，match，replacement）'也會返回一個新的字符串，即：'x =「test」; y = replace（x，'e'，'E'）; x，y'返回'（「test」，「tEst」）'。他們將**不**更新你原來的字符串！ – SalchiPapa

如何使用朱莉婭

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