我有一個通過condas安裝R的環境（我目前使用R和jupyter筆記本，所以這在一點上是有意義的）。我想用dada2與此版本R.將dada2安裝到通過condas安裝的R的一個版本中
的按本網站https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-dada2正確的命令來做到這一點是
conda install -c bioconda bioconductor-dada2
這給了我下面的錯誤
讀取行包裝的元數據。 ............ 解決包裝規格：。
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict: - bioconductor-dada2 -> bioconductor-biostrings >=2.32.1 -> bioconductor-biocgenerics >=0.15.6 -> r 3.3.1* -> r-base 3.3.1 - r-glue Use "conda info " to see the dependencies for each package.
如果我運行conda info package r-glue我可以看到它取決於r-base 3.4.1。
替代做法也行不通：
我也嘗試進入R和從那裏安裝，但我不能讓任何軟件包與R程序包安裝
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("dada2")
給我一個非常長的輸出，但缺點是一堆依賴返回錯誤
ERROR: compilation failed for package ‘RcppParallel’ * removing ‘/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/RcppParallel’ ERROR: dependency ‘S4Vectors’ is not available for package ‘IRanges’ * removing ‘/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/IRanges’ ERROR: dependencies ‘S4Vectors’, ‘IRanges’, ‘matrixStats’ are not available for package ‘DelayedArray’
和n多東西，並在年底
錯誤：依賴 'Biostrings'， 'ShortRead'， 'RcppParallel' 不適用於包 'dada2' *刪除一個「/ home /雅各布/ anaconda3/lib中/ R /庫/ dada2'
The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmptx8OqE/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done Old packages: 'curl', 'dplyr', 'foreign', 'haven', 'httpuv', 'mgcv', 'purrr', 'Rcpp', 'TTR', 'xts' Update all/some/none? [a/s/n]:
然後所有的更新都失敗了。
正確的答案是不要嘗試在R中使用dada2與condas，而只是使用condas獨立版本的R，或者有一些我失蹤的方法？
我在ubuntu linux 16.04和conda 3.2.23版本上運行R版本3.4.1，這是值得的。