麻煩執行以下代碼時調用Biopython SeqUtils six_frame_translations

：麻煩執行以下代碼時調用Biopython SeqUtils six_frame_translations

from Bio.SeqUtils import six_frame_translations 

blah = six_frame_translations("ATCGATCGATCG") 
print(blah)

我得到以下錯誤：

File "C:\Python32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\__init__.py", line 263, in six_frame_translations 
    frames[-(i+1)] = reverse(translate(anti[i:], genetic_code)) 
NameError: global name 'reverse' is not defined

我使用Python 3.23，Biopython 1.59

有什麼建議？謝謝，

Charles

來源

2012-08-28 user1426421

重複的問題在這裏：http://www.biostars.org/post/show/51976/trouble-calling-biopython-sequtils-six_frame_translations/ – peterjc

這是一個錯誤。在2011年8月11日之前，SeqUtils模塊具有功能reverse。它在版本1.54和removed in 1.58中被棄用。

從文件DEPRECATED：

Function 'reverse' in Bio.SeqUtils was deprecated in Release 1.54, and removed in Release 1.58. Instead just use the string's slice method with a step of minus one.

因此，它看起來他們只是沒有進行這種轉換在six_frame_translations()。您可以向OBF Redmine網站提交錯誤報告，或自行修補並向GitHub上的Biopython repository提交拉取請求。

如果你感覺特別慷慨，你可以考慮編寫一個單元測試來自動檢測這個函數的失敗 - 它會幫助像你這樣的未來用戶。 =）

來源

2012-08-29 09:59:05

現在修復，https://github.com/biopython/biopython/commit/d2ed4f2254938517ccd7843ce8db810d6fe91ab9 - 如果您需要通過編輯C：\ Python32 \ lib \ site-packages \ Bio \ SeqUtils \ __ init__.py（或從源重新安裝Biopython）來緊急使用此更改，請在本地應用相同的更改。 – peterjc

如果在Python 3上，您還需要https://github.com/biopython/biopython/commit/acf0b9a80718ba9c39f8deb9a23073e98f7fe3e4 – peterjc

麻煩執行以下代碼時調用Biopython SeqUtils six_frame_translations

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