2012-02-09 127 views
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這可能會變成一個相當微不足道的問題,但現在讓我感到莫名其妙。當我安裝了通用文檔轉換器pandoc並將其添加到我的路徑中時,這一切都開始了。所以當我在我的Mac OS X的默認終端上執行echo $PATH時,它會顯示pandoc,我可以執行它。系統路徑與Sys.getenv('PATH')

但是,當我嘗試使用system(pandoc --version)在R會話中調用它時,它無法識別pandoc。進一步檢查發現system('echo $PATH')不會返回我在終端上獲得的相同路徑。

任何人都可以幫助我發生什麼事嗎?我喜歡在RStudio上完成我所有的工作,因此寧願直接從內部使用pandoc。因此需要弄清楚。

回答

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R和bash(無疑是Rstudio)各自創建單獨的環境。 Terminal.app用它自己的默認路徑設置啓動一個bash會話。當Simon Urbanek最近回答了這個問題時,他將提問者提交給了R-Mac-FAQ 12.19。他的全部答覆在R-SIG-MAC檔案中。在我的郵件客戶端出現一個主題行回覆:[R-SIG的Mac]路徑,並註明日期2012年1月30日,他還提到了提問者:http://developer.apple.com/library/mac/#qa/qa1067/_index.html

由於?EnvVar告訴你:「Sys.getenvSys.setenv到在R會話中讀取和設置環境變量。「但是,你似乎已經意識到這些功能。