合併列表問題

Question

對不起，但問題不容易壓縮成一個句子...

我有兩個重疊羣列表（list1和list2）。它們大多含有獨特的重疊羣，但有一些重疊。我想比較list1和list2，然後創建一個列表3，其中包含list1中的所有重疊羣減去也存在於list2中的所有重疊羣。使用簡單的cat/paste/grep/sort/uniq類批處理命令可以實現嗎？

謝謝！

Answer 1

你可以sort和uniq做到這一點：

sort list1 list2 list2 | uniq -u 

在list2中的任何線將出現在排序的輸出中至少兩次，因此將被uniq過濾器過濾

Answer 2

看看在Iesi.Collections庫，也請參考文章在CodeProject http://www.codeproject.com/KB/recipes/sets.aspx#xx703510xx

Answer 3

嘗試comm -23

例子（第一個列表：編號1-10，第二個列表包含數字5-8）

comm -23 <(seq 1 10) <(seq 5 8)

的假設是，你的列表1和列表2排序

Answer 4

你沒有表現出任何的樣品關於你的名單的數據，所以我做了。假設

$ cat file1 
11 
12 
5 
13 
7 
14 
15 

$ cat file2 
6 
7 
8 
5 
4 
1 

$ awk 'FNR==NR { a[$0]; next } (! ($0 in a)) ' file2 file1 
11 
12 
13 
14 
15 

如果不是你想要的，你的名單範例和所需輸出

Answer 5

我也是在生物信息學和基因組學工作的描述更加清楚。

如果你真的想得到uniq contig序列，你最好使用python或perl來使這個問題重疊/ mismacth線程！

來自中國深圳BGI的GentleYang :)