在具有通配符和一個下劃線

Question

我有80雙以下類型的文件的組合擴展在擊循環腳本的索引：

170309-N701-S517_S1_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N701-S517_S1_L001_R2_001.fastq.gz 
170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz 
170309-N701-S503_S3_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N701-S503_S3_L001_R2_001.fastq.gz 
.. 
170309-N710-S507_S79_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N710-S507_S79_L001_R2_001.fastq.gz 
170309-N710-S508_S80_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N710-S508_S80_L001_R2_001.fastq.gz 

本質上，一對包括以下文件：

170309-N701-S517_S<ID>_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N701-S517_S<ID>_L001_R2_001.fastq.gz 

其中ID從1變化到80。

我想創建80子文件夾名爲S1..S80並把每對在相應的文件夾中，例如

170309-N701-S517_S1_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N701-S517_S1_L001_R2_001.fastq.gz 

去到子文件夾S1

170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz 
170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz 

去到子文件夾S2

等。

我寫了下面的腳本：

#!/bin/bash 
for i in {1..80} 
do 
    mkdir S$i 
    mv "*_S"$i"_*" S$i 
done 

但預計它沒有工作。它創建了子文件夾S1..S80。但是，它沒有移動任何文件。它生產而不是

mv: cannot stat `*_S1_*': No such file or directory 
mv: cannot stat `*_S2_*': No such file or directory 

等等。

我在做什麼錯？你能糾正劇本嗎？

Answer 1

你想要做的與mv "*_S"$i"_*" S$i行被稱爲variable expansion，如果你作爲擴展的一部分想要連接變量與其他字符，你需要讓BASH知道什麼是變量，什麼是一個普通的字符。您可以通過將變量名稱放在花括號中來完成此操作。 E.g：

var=FOO 
echo "BAR ${var} BAZ" 
# BAR FOO BAZ 

在循環的情況下：

touch \ 
    170309-N701-S517_S1_L001_R1_001.fastq.gz\ 
    170309-N701-S517_S1_L001_R2_001.fastq.gz\ 
    170309-N701-S502_S2_L001_R1_001.fastq.gz\ 
    170309-N701-S502_S2_L001_R2_001.fastq.gz\ 
    170309-N701-S503_S3_L001_R1_001.fastq.gz\ 
    170309-N701-S503_S3_L001_R2_001.fastq.gz 

for i in {1..80} 
do 
if test -n "$(find . -maxdepth 1 -name "*_S${i}_*" -print -quit)" 
then 
    mkdir "S${i}" 
    mv *"_S${i}_"* "S$i" 
fi 
done 

這IF-THEN-Fi無線位是那裏只是爲了避免目錄中不存在的文件。完全可選。

還要注意的是通配符的字符*必須按順序使用mv工作中使用未加引號，因爲裏面"..."或'...'，*作爲一個文字處理。
但是，在find命令中會看到一個例外情況，其中雙引號之間的內容將在傳遞到find時展開。爲避免這種情況下的擴展，參數可以包含在單個報價（'...'）