Windows 7：通過腳本安裝多個R包

我想在Windows 7上安裝R 2.15.1的腳本。R安裝得很好，但我無法弄清楚如何從同一批處理腳本安裝多個包（或任何批處理腳本）。以下是我稱之爲簡單R文件的腳本部分。Windows 7：通過腳本安裝多個R包

"%ProgramFiles%\R\R-2.15.1\bin\R.exe" CMD BATCH "%~dp0R packages for GME.R"

這裏是「R包GME.R」的內容，它具有要安裝的軟件包。

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)

鑑於documented ownership and ACLs issues with writing to the default library folder in Windows，我已經試過以下內容：

取得所有權「C：\ Program Files文件\ r \ R-2.15.1 \庫」，然後運行R CMD BATCH <file>（無變化）;
將「完全控制」權限授予我在同一文件夾中的用戶帳戶，然後運行R CMD BATCH <file>（不變）;
通過Rprofile.site更改庫文件夾到另一個位置，然後運行R CMD BATCH <file>（無變化）;
通過Rgui運行命令install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE)（works）。

到目前爲止，我沒有運用CMD或批處理腳本來安裝軟件包。有什麼我失蹤？任何替代方法的腳本包安裝將不勝感激。

另外，我要安裝的機器是針對多個用戶的，因此係統範圍的安裝和配置是首選。

編輯2012年11月6日：下面是來自.Rout文件中的錯誤消息：

install.packages("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve","RandomFields",dep=TRUE) 
Warning in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph", : 
    'lib = "coda"' is not writable 
Error in install.packages("CircStats", "coda", "deldir", "gplots", "igraph", : 
    unable to install packages 
Execution halted

如果我執行library(coda)之後，它給Error in library(coda) : there is no package called ‘coda’。

來源

2012-11-05 Neal Mann

當您通過命令行執行操作時，它不工作嗎？它給你一個錯誤？它告訴你它已經成功了，但是當你啓動R和'library（CircStats）'時，它說它沒有安裝？如果你得到某種錯誤信息，什麼錯誤？ –

我想你忘了在'c（）'中包裝你的包名列表。嘗試'install.packages（c（「CircStats」，「coda」，「deldir」，「gplots」，「igraph」，「ks」，「odesolve」，「RandomFields」），dep = TRUE）' – Andrie

我添加了錯誤消息從.Rout到上面的原始問題。看起來R在以這種方式調用'install.packages（）'時不能寫入庫。 –

odesolve包已折舊並已由deSolve取代。 R 2.15.1在遇到這個包時會拋出一個錯誤。這可能會對您造成問題。以下是我用於安裝新R安裝包的腳本。

libs=c("CircStats","coda","deldir","gplots","igraph","ks","odesolve‌","RandomFields") 
type=getOption("pkgType")       
    CheckInstallPackage <- function(packages, repos="http://cran.r-project.org", 
     depend=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests", "Enhances"), ...) { 
     installed=as.data.frame(installed.packages()) 
    for(p in packages) { 
     if(is.na(charmatch(p, installed[,1]))) { 
      install.packages(p, repos=repos, dependencies=depend, ...) 
        } 
     } 
    } 
    CheckInstallPackage(packages=libs)

來源

2012-11-06 00:22:51

完美！當從上面的批處理腳本調用時（'R CMD BATCH '），它的工作效果非常好。第2行有一個小的語法錯誤：'type = getOption（「pkgType」））'應該是'type = getOption（「pkgType」）'（單括號）。 –

感謝您指出錯誤，將其修正在帖子中。 –

在這裏深思熟慮的r實用程序代碼。謝謝 – javadba

Windows 7：通過腳本安裝多個R包

回答

相關問題