2013-02-04 50 views
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我在每行的長字符串,這樣一行,外殼慶典獲取文件的路徑和投入子目錄

1000 AS34_59329 RICwdsRSYHSD11-2-IPAAPEK-93/ifshk5/BC_IP /項目/ T11073/T11073_RICekkR/Fq中/ AS34_59329/111220_I631_FCC0E5EACXX_L4_RICwdsRSYHSD11-2-IPAAPEK-93_1.fq.gz /ifshk5/BC_IP/PROJECT/T11073/T11073_RICekkR/Fq/AS34_59329/111220_I631_FCC0E5EACXX_L4_RICwdsRSYHSD11-2-IPAAPEK-93_2.fq.gz/ifshk5/BC_IP /項目/ T11073/T11073_RICekkR/Fq中/ AS34_59329/clean_111220_I631_FCC0E5EACXX_L4_RICwdsRSYHSD11-2-IPAAPEK-93_1.fq.gz.total.info 11.824 0.981393 43.8283 95.7401 OK

此行有三個文件位置(黑體部分),我需要將這些文件scp到另一個位置,如/ sample。並創建子目錄來放置文件,如將這些行文件放入AS34_59329。所以需要create/sample/AS34_59329 也許多行的子目錄名稱是相同的,所以需要判斷子目錄是否已經創建。 如何自動創建子目錄?

#! /bin/bash 
while read myline 
do 
    for i in $myline 
     do 
    if [ -f $i]; then 
    scp -r $i [email protected]:/sample 
    fi 
     done 
done < data.list 

回答

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看起來你有SSH密鑰,因此,如果您連那麼遠程命令會爲你工作

if [ -f $i]; then 
    ssh [email protected] '[ -d /sample ] && echo "OK" || mkdir /sample' 
    scp -r $i [email protected]:/sample 
fi 

此,如果你對遙控盒特權創建/樣品纔會工作。

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我的意思是在樣本中創建AS34_59329目錄,在示例行中 – AntiGMO

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