無法正確輸入java文件的參數

我正在嘗試使用名爲ChromHMM的程序來分析一些生物數據。我嘗試按照說明運行程序，但似乎無法正確輸入參數。

下面是一個例子： E：\ ComputationalAnalysis \ ChromHMM>的java -mx1600M -jar ChromHMM.jar BinarizeBed
chromosomelengthfile = \ CHROMSIZES \ hg19.txt inputbeddir = \ Donor1 cellmarkfileta BLE = \ Donor1 \ cellmarkfile.txt outputbinarydir = \ firstoutput

它返回只是這樣的：用法BinarizeBed [-b binsize] [ - C^controldir] [ - 中心] [ - colfields染色體，STA 室溫，結束[，鏈]] [ - ëoffsetend] [-f foldthresh] [ - n shift] [ - o outputcontroldir] [ - p poissonthresh] [ - peaks] [ - s offsetstart] [ - strictthresh] [ - t outputsignaldir] [ - u pse udocountcontrol] [ - w flankwidthcontrol] chromosomelengthfile inputbeddir cellmark filetable outputbinarydir

在手冊中說最後的4個參數是唯一需要運行的參數。有誰知道我做錯了什麼？我試圖從Windows命令提示符下執行此操作

來源

2013-04-13 Copacetik

嘗試刪除參數的名稱和等於;只需傳遞該值。所以在你的例子中你會有以下。

E:\ComputationalAnalysis\ChromHMM>java -mx1600M -jar ChromHMM.jar BinarizeBed \CHROMSIZES\hg19.txt \Donor1 cellmarkfileta \Donor1\cellmarkfile.txt \firstoutput

來源

2013-04-13 04:02:32

噢，非常感謝你，工作。除了我必須將所有目錄更改爲完整路徑。因此，第一個參數的第一個e：\ computalanalysis \ chromhmm \ chromsizes \ hg19.txt。你知道是否有任何教程會教我如何正確地做這些事情？我找了很多麻煩，但我可能不會使用正確的詞彙表 – Copacetik

如果您刪除了前導斜槓，則不需要完整的目錄。所以將其更改爲CHROMSIZES \ hg19.txt –

這裏是基本的命令行命令。即時通訊不知道它是否會幫助很多http://www.computerhope.com/issues/chusedos.htm –

無法正確輸入java文件的參數

回答

相關問題