R：超幾何測試（phyper）

超幾何測試

問題我已經數據是這樣的：

彈出大小：5260
試樣尺寸：131
數在彈出的項目被分類爲成功的：1998年
樣品中的項目被分類爲成功的數量：62

爲了計算超幾何測試，是正確的：

phyper(62,1998,5260,131)

來源

2011-12-05 Nicolas Rosewick

http://ygc.name/2012/04/28/enrichment-analysis/ – 2012-05-07 09:15:08

相關文章：[計算RNA seq和ChIP芯片數據集之間基因列表重疊的概率] stats.stackexchange.com/a/16259/6454） – zx8754

幾乎正確。如果你看看?phyper：

phyper(q, m, n, k, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

x, q vector of quantiles representing the number of white balls drawn without replacement from an urn which contains both black and white balls.

m the number of white balls in the urn.

n the number of black balls in the urn.

k the number of balls drawn from the urn.

因此，使用您的數據：

phyper(62,1998,5260-1998,131) 
[1] 0.989247

來源

2011-12-05 10:44:12 James

它不是phyper（** 61 **，1998,5260-1998,131）？ –

@NicoBxl不，62是樣本權利的成功數量？ – James

是的，它是62.但我讀了一個地方，我必須減去一個（幻燈片20） –

我想你想計算p值。在這種情況下，你想

P(Observed 62 or more) = 1-P(Observed less than 62).

所以，你要

1.0-phyper(62-1, 1998, 5260-1998, 131)

注意-1那裏的第一參數。而且你還需要從1.0中減去右邊尾部的區域。

糾正我，如果我錯了..

來源

2012-09-10 05:59:50 Albert

OP是否想要右邊或左邊的尾巴將取決於測試中替代假設的方向，這在問題中沒有明確說明。因此，它可以是。 – joran

-1

關於-1。我一直在計算R中的P值，並且事實上如果你想獲得可以通過分析計算的值，那就是你必須要做的，

所以，確實phyper（61,1998,5260- 1998,131），選擇那些q是等於或大於62

馬亭惠能

來源

2014-02-06 12:05:42

@Albert的P，

爲了計算超幾何測試，則獲得相同的p值，P（62觀察到或更多）使用：

> phyper(62-1, 1998, 5260-1998, 131, lower.tail=FALSE)` 
[1] 0.01697598

因爲：

lower.tail: logical; if TRUE (default), probabilities are P[X <= x], 
      otherwise, P[X > x]

來源

2014-05-28 14:24:27

Meng關於phyper和fisher.test的註釋（它們做了同樣的事情，但界面非常不同）也很有用：http://mengnote.blogspot.qa/2012/12/calculate-correct-hypergeometric-p。 HTML – Adi

我覺得這個測試是應該像下面：

phyper(62,1998,5260-1998,131-62,lower.tail=FALSE)

然後，所有行的總和將等於所有列的總和。這在處理應急表格時很重要。

來源

2015-11-05 20:43:54 user5531047

R：超幾何測試（phyper）

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