在標題等不同線條圖中繪製三個密度圖

我對R非常非常新，所以請原諒我的問題的基本性質。總之，我做了很多谷歌搜索試圖回答這個問題，但是我發現即使是基本的指南，以及論壇上的簡單討論，都會比我擁有更多的先前知識，特別是在概述所有編碼術語是什麼，改變它們意味着什麼。在標題等不同線條圖中繪製三個密度圖

總之，我有一個標籤格式化表格，其中包含三列數據，我希望在單個圖表上繪製密度圖。我希望線條可以是不同的圖案（虛線，虛線等等，因爲任何東西都可以很容易地將它們區分開來，因爲我的主管是色盲，所以我不能使用顏色）。

我有一些代碼讀取數據並生成可訪問我感興趣的列：

mydata <- read.table("c:/Users/Demon/Desktop/Thesis/Fst_all_genome.txt", header=TRUE, 
sep="\t") 

fstdata <- data.frame(Fst_ceu_mkk =rnorm(10), 
         Fst_ceu_yri =rnorm(10), 
         Fst_mkk_yri =rnorm(10))

我在哪裏何去何從？

來源

2013-06-04 user2439887

Appendix A of 'An Introduction to R'有一個很好的演練教程，你可以在10分鐘內完成;除此之外，它教導線路類型等

之後，繪製密度也在這裏解釋了幾十次;在上面的搜索框中搜索例如'[r]密度'。還有R Graph Gallery（可能在現在），等等。

我經常推薦的一個很好的免費指南是John Verzani的simpleR，它強調圖形很多，並會教你在這裏需要什麼。

來源

2013-06-04 01:14:20

謝謝德克。我會看看。壓力大的東西！我的預算非常緊張（我的論文只給了6個月），R的學習曲線非常陡峭。希望有人會爲它製作更加用戶友好的GUI。 – user2439887

@ user2439887還有一個以ggplot爲中心的[cookbook for R]（http://www.cookbook-r.com/Graphs/） - 你也可以得到[colorblind-safe color palettes]（http：// www .mollietaylor.com/2012/10/color-blindness-and-palette-choice.html），它們可以在'RColorBrewer'軟件包中找到。 – mnel

我不想在這方面聽起來很懶惰，但儘管simpleR指南看起來像一個相當全面的工具，但它在模板方面確實有點過分。理想情況下，我需要在第二天左右這些情節，所以我真的只需要一個快速和骯髒的解決方案，但用足夠簡單的條款解釋，我可以應用它，並知道哪些變量要改變或獨自離開。如果任何人都可以提供一個模板，我可以將數據向量轉換出來，只需簡單地修改一下如何改變情節的視覺方面，我會很感激。 – user2439887

兩種選擇讓你探索使用高級圖形。

# dummy data 
d = data.frame(x = rnorm(10), y = rnorm(10), z = rnorm(10))

首先，您需要從廣泛的重塑數據長格式，

require(reshape2) 
m = melt(d)

GGPLOT2圖形

require(ggplot2) 
ggplot(data = m, mapping = aes(x = value, linetype = variable)) + 
     geom_line(stat = "density")

點陣圖形

使用相同的melt()ed個數據，

require(lattice) 
densityplot(~ value, data = m, group = variable, 
      auto.key = TRUE, par.settings = col.whitebg())

來源

2013-06-04 01:53:06 baptiste

如果你需要的東西很簡單，你可以做簡單：

plot(density(mydata$col_1)) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 2) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 3)

如果第二和第三密度曲線遠離第一，你需要定義XY限制的繪圖區域明確：

dens1 <- density(mydata$col_1) 
dens2 <- density(mydata$col_2) 
dens3 <- density(mydata$col_3) 

plot(dens1, xlim = range(dens1$x, dens2$x, dens3$x), 
    ylim = range(dens1$y, dens2$y, dens3$y)) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 2) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 3)

希望這有助於。

來源

2015-05-09 23:29:58

在標題等不同線條圖中繪製三個密度圖

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