獲取運行時運行的所有R代碼

假設我在腳本中有一堆R代碼，並且想要將所有從.GlobalEnv運行的R代碼記錄到平面文件或數據庫以及錯誤和警告消息。如下，我可以寫一個簡單的logme功能或使之更加複雜一點也獲取錯誤改變options(error = mylogginfunction)獲取運行時運行的所有R代碼

mylogfile <- tempfile() 
logme <- function(x){ 
    mode <- "at" 
    if(!file.exists(mylogfile)){ 
    mode <- "wt" 
    } 
    myconn <- file(mylogfile, mode) 
    writeLines(x, myconn) 
    close(myconn) 
    invisible() 
} 

logme(sprintf("%s: started some yadayada, ", Sys.time())) 
x <- 10 
x * 7 
logme(sprintf("%s: done with yadayada", Sys.time())) 

## Get the log 
cat(readLines(mylogfile))

日誌打印出： 2015年5月14日17點24分31秒：啓動了一些yadayada，2015-05-14 17:24:31：用yadayada完成

但我想要的是，日誌文件寫下執行的表達式，而不必我寫每個包裝器聲明。我希望日誌看起來像。 2015年5月14日17時24分31秒：開始有些yadayada，X < - 10，X * 72015年5月14日17時24分31秒：以yadayada做

所以我問題是，我如何獲取R正在執行的內容，以便將執行的表達式存儲在日誌/數據庫中。而不需要在每個表達式之前寫一個函數調用（如myhandler（x < - 10）; myhandler（x * 10））。對此有何幫助？

來源

2015-05-14 jwijffels

'R CMD BATCH filename.R'命令行產生一個似乎你問的'.Rout'文件。 – nicola

我對.Rout或Rscript myscript> mylog.log管道是什麼感興趣。我對錶達感興趣。 – jwijffels

'R CMD BATCH'也寫入表達式。你試過了嗎？ – nicola

這可能是簡單的在任何情況下工作，但你可以用這個嘗試：

定義將myHandler爲：

myhandler({ 

    a <- 1 
    a <- a + 1 
    print(a) 

})

：

myhandler <- function(x, file = stdout()) { 
    expr <- substitute(x) 
    for(e_line in as.list(expr)) { 
    cat(file = file, as.character(Sys.time()), capture.output(e_line), "\n") 
    eval(e_line, envir = parent.frame()) 
    } 
}

與您的代碼使用它的括號內

結果：

# 2015-05-14 18:46:34 `{` 
# 2015-05-14 18:46:34 a <- 1 
# 2015-05-14 18:46:34 a <- a + 1 
# 2015-05-14 18:46:34 print(a) 
# [1] 2

來源

2015-05-14 16:52:49 bergant

非常感謝您的回答。這與我的想法非常接近，但是我試圖在我的問題中明確排除這個答案，它表示'不必在每個表達式之前寫入函數調用'。這個解決方案只是把所有的表達式放在1個塊中。我正在尋找一種解決方案，在所有代碼之前我不需要myhandler。 – jwijffels

我承認我並沒有真正明白「在運行R命令的同一進程中運行的表達式」是指我們在評論中聊了一會兒。但是，我擴展了我的想法。您可以創建一個logGenerator.R文件有以下幾行：

logGenerator<-function(sourcefile,log) { 
    ..zz <- file(log, open = "at") 
    sink(..zz) 
    sink(..zz, type = "message") 
    on.exit({ 
    sink(type="message") 
    sink() 
    close(..zz) 
    }) 
    ..x<-parse(sourcefile) 
    for (..i in 1:length(..x)) { 
    cat(as.character(Sys.time()),"\n") 
    cat(as.character(..x[..i]),"\n") 
    ..y<-eval(..x[..i]) 
    } 
}

這個函數作爲參數的源文件和日誌文件名。該腳本將採用R文件並記錄每條指令的執行時間。然後它將該表達記錄在同一個日誌文件中。指向stdout()的每個輸出和錯誤消息都指向日誌文件。你顯然不需要以任何方式修改你的源文件。

來源

2015-05-18 21:51:54 nicola

Nicola，謝謝你的回答。這基本上和bergant給出的一樣。我正在尋找一種解決方案，我不需要傳遞一個源文件。這可能嗎？ – jwijffels

如果你不想在源文件中存儲你想要評估和存儲的表達式，你認爲如何？對不起，我不認爲我真的得到了你的約束，你的工作流程是什麼。 – nicola

工作流程 'logme（sprintf（「％s：started some yadayada，」，Sys.time（））） x < - 10 x * 7 logme（sprintf（「％s：done with yadayada」， Sys.time（））） ' 這應該導致日誌文件陳述'2015-05-14 17:24:31：啓動了一些yadayada，x < - 10，x * 7 2015-05-14 17:24： 31：完成與yadayada' – jwijffels

爲了捕捉輸入命令，你可以使用addTaskCallback

mylogfile <- tempfile() 
addTaskCallback(
    function(...) { 
     expr <- deparse(as.expression(...)[[1]]) # it could handled better... 
     cat(expr, file=mylogfile, append=TRUE, sep="\n") 
     # or cat(sprintf("[%s] %s", Sys.time(), expr),...) if you want timestamps 
     TRUE 
    } 
    ,name="logger" 
) 

x <- 10 
x * 7 

removeTaskCallback("logger")

然後結果是：

cat(readLines(mylogfile), sep="\n") 
... addTaskCallback definition ... 
x <- 10 
x * 7

但是你得到的是解析表達，這意味着該行

x+1;b<-7;b==2

將被記錄爲

x + 1 
b <- 7 
b == 2

另外：

輸出將不被記錄，特別是在控制檯error記錄的情況下
顯示message或warning不會被觸發，所以你需要單獨的函數來處理它

來源

2015-05-21 22:41:04 Marek

太棒了！正是我在找什麼。非常感謝。 – jwijffels

獲取運行時運行的所有R代碼

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