在K-means中傳遞自定義距離函數

Question

在MATLAB k-means 實現中是否存在傳遞自定義距離函數（例如jaccard距離）的方法？

傑卡德距離函數

D = pdist(X,'jaccard'); 

Answer 1

從documentation，我們知道我們可以通過一個'distance'選項kmeans：

'距離'

距離測量，在p維空間。關於這個參數，kmeans最小化爲 。對於不同的支持距離度量，kmeans計算質心集羣 。

'sqEuclidean'

平方歐幾里德距離（默認）。每個質心是該羣集中 點的平均值。

'cityblock'

絕對差值的和，即L1距離。每個質心是該組中各點的組分平均值。

「餘弦」

一個減分之間的夾角（如 載體處理的）的餘弦值。每個質心是該簇中點的平均值， 將這些點歸一化爲單位歐幾里得長度。

「相關」

一減點之間的樣本相關（如序列值的 處理的）。每個質心是 中各點的分量平均值，在對這些點進行對中和歸一化之後，將其平均值和單位標準偏差歸零。

「漢明」上不同的比特

百分比（僅適用於二進制數據）。每個 質心是該組中點的組分中位數。

所以，例如：

[idx,ctrs] = kmeans(X,2, 'Distance','cityblock'); 

至於定製功能（即，用戶實現的）：AFAIK，這是不可能的沒有黑客相關M文件。

Answer 2

你需要做的是使用SVD將你的距離矩陣分解成一個特徵空間，然後在由SVD得分表示的新特徵空間上執行kmeans。請參閱Rob Tibshirani的統計學習元素。

或者你可以使用距離矩陣工作的k中介--R中的as.dist（）會將矩陣轉換爲dist對象，然後可以在其上執行K-mediods。

Answer 3

如果你想看到簡單的實現可以使用任何任意距離函數看看 - K-Means Algorithm with Arbitrary Distance Function Matlab (Chebyshev Distance)。