0
我正在使用R package NMF對微陣列表達式數據執行非負矩陣分解。我完成了nmf程序，但想從基礎矩陣中提取基因名稱（特徵）。基礎矩陣是nmf之後的結果矩陣之一，其中包含行的基因名稱，列的元序列數（分解等級）。說明來自NMF包中的extractFeatures（）R
該軟件包有一個功能可以完成這項操作，稱爲extractFeatures()，它將對矩陣進行評分並返回符合我評分標準的特徵（基因名稱）。假設在運行NMF（最終NMF對象稱爲x）之後，我有4個metagene列（rank = 4）作爲基礎矩陣。當我運行s <- extractFeatures(x)我得到一個R「列表」與含有整數4個載體：
> class(s)
[1] "list"
> str(s)
List of 4
$ : int [1:575] 569 4857 4 51 91 9627 6359 2522 118 163 ...
$ : int [1:243] 3 1 11834 106 2 52 3855 1103 6 1510 ...
$ : int [1:37] 11922 11890 11521 11888 11648 11388 9340 11520 9854 11670 ...
$ : int [1:808] 6123 9125 11918 10432 9674 2109 11802 8372 11746 6996 ...
- attr(*, "method")= chr "kim"
（對於下面的代碼，一些結果的是爲簡潔起見移除）
> s
[[1]]
[1] 569 4857 4 51
[[2]]
[1] 3 1 11834 106 2 52 3855 1103 6 1510 14 49
[[3]]
[1] 11922 11890 11521
[[4]]
[1] 6123 9125 11918 10432 9674 2109
問題1： 什麼這些是整數嗎？它們應該是我矩陣中的「特徵」（即基因名稱）。他們爲什麼是整數而不是基因名？那些整數是否以某種方式與我的基因名稱相對應？
問題2： 如何從每個單獨的載體中分離基因名稱（在列表s內）。例如，我想獲得第一個metagene（575個功能）的唯一基因名稱，然後只有第二個metagene（243個功能）的基因名稱等，等等。
任何想法將不勝感激。謝謝！