Biopython通過FASTA迭代不起作用？

Question

我是編程領域的新手，我試圖掌握python循環背後的結構和邏輯。可能有人請向我解釋，爲什麼這件事情不工作：

from Bio.SeqUtils import GC 
from Bio import SeqIO 
i = 0 
record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta"), "fasta")% i 
for x in record.seq: 
    print GC(record.seq) 
    i+=1 

上面的代碼產生以下錯誤：

IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'group_%d.fasta') 

Answer 1

你只需要字符串格式化有點不對勁。

此：

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta"), "fasta")% i 

應該是：

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta" % i), "fasta") 

我會移動那個東西一with語句中，以確保該文件實際上是正確關閉。

with open("group_%d.fasta" % i, "r") as fasta: 
    record = SeqIO.read(fasta, "fasta") 

Answer 2

線

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta"), "fasta")% i 

不會做的事情在你認爲的順序。它嘗試的第一件事是：

open("group_%d.fasta") 

這會失敗，並顯示錯誤。您需要將括號內的格式參數：

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta" % i), "fasta") 

，或者更好，切換到更現代str.format：

record = SeqIO.read(open("group_{0:d}fasta".format(i)), "fasta") 

這使得它更清晰，其中格式化參數應該去。