錯誤：在storage.mode（x）< - 「double」中：通過強制引入NAA

Question

我是R新手，但我試圖使用庫中的impute.knn()來估計大型微陣列數據集中的缺失值）使用6個最近的鄰居。

下面是一個例子：

seq1 <- seq(1:12) 
mat1 <- matrix(seq1, 3) 
mat1[2,2] <- "NA" 
impute.knn(mat1, k=6) 

我收到以下錯誤：

Error in knnimp.internal(x, k, imiss, irmiss, p, n, maxp = maxp) : 
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1) 
In addition: Warning message: 
In storage.mode(x) <- "double" : NAs introduced by coercion 

我也試過如下：

impute.knn(mat1[2,2], k=6) 

，我得到以下錯誤：

Error in rep(1, p) : invalid 'times' argument 

我的google-fu今天離開了。任何建議，爲什麼我可能會得到這個錯誤？

編輯：我試過

mat1[2,2] <- NA 

詹姆斯的建議，但我得到一個分段錯誤。使用

replace(mat1, mat1[2,2], NA) 

也沒有幫助。還有其他建議嗎？

Answer 1

我不知道爲什麼impute.knn設置事情是這樣的，但是內?impute.knn的示例使用khanmiss這是由多種因素，當其裹挾matrix將字符data.frame。

由於您試圖使用K > ncol(mat1)歸因於最近的鄰居，因此您會遇到分段錯誤。報告給包作者的錯誤這可能是值得，因爲這很容易在R進行檢查，並返回一個錯誤，而不是殺死R.

mat1 <- matrix(as.character(1:12), 3) 
mat1[2,2] <- NA # must not be quoted for it to be a NA value 
# mat1 is a 4 column matrix so 
impute.knn(mat1, 1) 
impute.knn(mat1, 2) 
impute.knn(mat1, 3) 
impute.knn(mat1, 4) 
# Will all work 

注

儘管陌生例如C級錯誤，mat1就當它是整數或雙以及

mat1 <- matrix(1:12,3) 
mat1[2,2] <- NA 
impute.knn(mat1,2) 

mat1 <- matrix(seq(0,1,12),3) 
mat1[2,2] <- NA 
impute.knn(mat1,2) 

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也許封裝作者應採取的

fortunes(15) 

It really is hard to anticipate just how silly users can be. —Brian D. Ripley R-devel (October 2003)

謹慎，建立一些錯誤檢查這樣一個簡單的錯誤不會導致一個段錯誤。