將站點添加到R中的DCA

我創建了一個使用下面的腳本顯示物種的去除界限對應分析（DCA），但我想向其中添加站點。我知道我可以用簡單的腳本來做到這一點：plot(vare.dca)，但不知道一旦我改進了圖形後該如何做到這一點。如果這是一個非常簡單的問題，我對R很陌生，所以很抱歉。非常感謝您的幫助！將站點添加到R中的DCA

bugs<-read.csv(file= "bugs.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE) 
env<-read.csv(file= "envir.csv", row.names='Sites', sep=",", header=TRUE) 
library(vegan) 

shnam <- make.cepnames(names(bugs)) # abbreviate Latin names 
identify(pl, "sp", labels=shnam) 
plot(vare.dca, dis="sp", type="n") 
sel <- orditorp (vare.dca, dis="species", lab=shnam, pcol = "grey", pch="+")

爲 '錯誤' 和 'ENV' 的數據在這裏：https://gist.github.com/anonymous/dcf0fad859eb879014b2

來源

2013-08-01 user2519499

諮詢了一些關於這些功能的博客文章由於您是R的新手，因此閱讀它會很有幫助：http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-gr eat-r-reproducible-example如果你可以'輸入（頭部（bug））'和'dput（頭部（env））'，這將幫助那些不知道DCA是什麼的人。 – harkmug

收債機構？ –

@rmk有幫助嗎？ – user2519499

的一般方法是使用points()方法，如

points(vare.dca, display = "sites", col = "red")

或使用text()方法，如果你想要網站/樣本標籤。

orditorp()也可以使用，只需將參數更改爲display = "sites"，您可以通過閱讀?orditorp確定參數。

還有其他一些選項，其中最值得注意的是ordipointlabel()，這將更加努力地阻止各種標籤的重疊。

我寫了一首歌素食主義者，你可以更多的解釋和例子

來源

2013-08-01 14:56:39

非常感謝！ – user2519499

將站點添加到R中的DCA

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