非root用戶安裝python包/工具

Question

（1）我必須安裝一個python包（HTSeq），但我沒有root權限。

該軟件包需要python 2.4或最新版本。我們的集羣上有python 2.3。

因此我就用我的一個本地目錄 安裝Python 2.7版

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install 

（2）該軟件包還需要numpy的：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

：所以我也用它安裝在我的本地目錄並完成

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/") 

（3）我下載了tar的H文件均衡測試（我要下載），然後運行

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq 

它拋出以下錯誤：

Could not import 'setuptools', 
falling back to 'distutils'. 
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'. 
Please install numpy and then try again to install HTSeq. 

請提供我就如何克服它

在此先感謝

一些提示

Answer 1

Setuptools是您需要安裝該軟件包的另一個要求。

一個選項是使用virtualenv創建一個包含的python環境。這可以在任何地方完成，並由創建它的用戶擁有。

要安裝的virtualenv沒有（從this answer）管理員權限：

的virtualenv中的最新版本下載的tar.gz。 解開它。 你甚至都不需要安裝它，只需運行virtualenv.py，例如：

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz 
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz 
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env 

env/bin/pip install HTSeq 
env/bin/pip install numpy 

現在使用Python二進制文件在虛擬環境中運行腳本：

env/bin/python myscript.py 

Answer 2

1）你必須安裝setuptools（有必要運行HTSeq的setup.py）。

下載源的tar.gzsetuptools-0.6c11.tar.gz，解開它，然後像你安裝python2.7做的步驟，但該文件夾中是你解開的setuptools來源：

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install 

2）當你將安裝setuptools，easy_install可執行文件將在python2.7/scripts/文件夾中出現。您可以使用它來輕鬆安裝軟件包：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq 

它會自動找到軟件包，並會爲您下載並安裝它以及所有依賴項。