使用bash腳本來比較兩個文件並寫入新文件

我是bash腳本編程的新手，並且想編寫一個bash腳本來執行以下操作。我有兩個製表符分隔的文件如下所示：使用bash腳本來比較兩個文件並寫入新文件

# file1 # 
## position id 
. 
. 
. 


# file2 
## position type 
. 
. 
.

文件2是文件1的相對於位置的列的子集。我要生成文件3，使得對於file2中的每一行，它查找具有相同位置的線file1和寫出以下爲文件3

position id type 
. 
. 
.

所以，我想基本上之間找到共同立場file1和file2（第一列）並將它們與它們的id和類型（各自文件中的第2列）一起寫出。我知道如何做到這一點使用python，但我想學習如何使用bash腳本來做這樣的過程 - 我會很感激上述問題的任何示例代碼。

額外註釋：

在每個列中的值如下

位置：CHR1：887799
ID：R2A
類型：analphabeticstring

Th anks

來源

2012-05-14 msohail

嘗試「連接」，「剪切」和「排序」工具。 – krlmlr

join -a 1 <(sort file1) <(sort file2)

應該讓你有

的加盟手冊頁有更多背景資料和樣品：

http://linux.die.net/man/1/join

來源

2012-05-14 22:23:00 sehe

謝謝，我不知道連接命令。這很好地解決了這個問題。 – msohail

所以這個命令實際上並沒有完全正確地完成這項工作。它應該產生一個與typefile相同長度的文件，但是它產生了一個較小的文件。我認爲這可能是因爲兩個文件在位置字段上不完全相同（即一個是另一個的子集）。我最終使用了一個帶有散列的python腳本 - 當一個文件是另一個文件的子集時，有沒有一種簡單的方法可以使用join（或另一個linux命令）？ – msohail

@msohail該手冊頁在那裏:)我編輯，以顯示如何使文件1中的所有行包括在內。 – sehe

-1

首先，你需要做製表符分隔的文件，那麼它的那麼容易，因爲

join -j 1 first.txt second.txt

來源

2012-05-14 22:22:20 Pavel

需要確保輸入文件在連接列上排序 –

使用bash腳本來比較兩個文件並寫入新文件

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