從java jar中運行R腳本

我有一個調用R腳本的java程序。下面是一個命令：從java jar中運行R腳本

String filename = "hierarchicalClusteringScript.R"; 
String[] cmd=new String[]{this.conn.getRPath(),"CMD","BATCH", 
      "--args LD_matrix='"+LD_matrix+"' " + 
      "image_filename='"+image_filename+"' " + 
      "width="+300+" "+ 
      "height="+height+" "+ 
      "ordered_snps_filename='"+ordered_snps_filename+"'", 
      filename, 
       this.conn.getWorkingDir()+this.conn.getProjectName()+"Routput.txt"}; 
    Runtime runtime = Runtime.getRuntime(); 
    try { 
     Process process = runtime.exec(cmd); 
     process.waitFor(); 
    } catch (IOException e) { 
     e.printStackTrace(); 
    } catch (InterruptedException e) { 
     e.printStackTrace(); 
    }

我想包括讀劇本「hierarchicalClusteringScript.R」成jar文件。如果我確實有辦法從代碼調用腳本？我應該使用哪條路徑？

感謝很多提前

來源

2012-08-07 Rossella

是「R」能夠從壓縮文件執行腳本？ – MadProgrammer 2012-08-07 06:09:49

我不知道...我想知道如果這是可能的，或者如果我需要把文件放在另一個地方 – Rossella 2012-08-07 09:07:42

嗯，我建議你可能會遇到問題，你怎麼解壓縮腳本從Jar文件@運行時轉換爲臨時位置並從那裏執行 – MadProgrammer 2012-08-07 09:09:08

爲了從JAR中提取腳本，通常我們很少執行JAR/ZIP提取。將腳本放在JAR中時，通常意味着它位於類路徑中。因此，只需將其定位爲資源，獲取inputStream，然後讀取資源並將其寫入臨時目錄。這幾個步驟應該很容易，您可以輕鬆地從網絡中輕鬆找到代碼示例。

一些提示您：

Class#getResourceAsStream() 
FileOutputStream 
File#createTempFile()

來源

2012-08-08 02:04:03

完美的工作......非常感謝！ – Rossella 2012-08-10 11:37:07

Jar文件基本上是zip文件（用清單）。

您可以使用Jar API

本質上講，你要打開的JarFile，找到JarEntry並使用JarOutputStream提取內容

你可以看看How to write a Java program which can extract a JAR file and store its data in specified directory (location)?用於提取文件出的這些示例

來源

2012-08-08 01:40:13 MadProgrammer

如果我理解您正在尋找將R腳本添加到jar並將R作爲來自jar classpath的資源加載。（JAR可以包含任何類型的文件，但JVM只能運行什麼是字節碼兼容）

- 要添加腳本到現有的罐子這樣做：
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/jar/update.html

- 要創建腳本新的jar做到這一點：
http://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/jar/build.html

- 要加載從罐子腳本確保它是在類路徑和您的代碼加載它的ResourceLoader：
http://docs.oracle.com/javase/1.5.0/docs/guide/lang/resources.html

來源

2012-08-08 01:48:54 Edmon

從java jar中運行R腳本

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