通過計算集羣加載python模塊

我有一個使用Scientific Linux的計算集羣的帳戶。當然，我只有用戶訪問權限。我正在使用python，我需要運行python腳本，所以我需要導入一些python模塊。由於我沒有root訪問權限，我在我的$ HOME上安裝了一個本地python副本以及所有必需的模塊。當我在我的帳戶（託管節點）上運行腳本時，它們運行正常。但爲了將作業提交到計算隊列（在更快的機器上處理），我需要提交一個包含執行腳本的行的bash腳本。計算羣集使用SunGrid引擎。但是，當我提交bash腳本時，出現錯誤，我找不到安裝的模塊！通過計算集羣加載python模塊

所以我對這個問題的理解是，模塊沒有被髮送或執行腳本的機器。我的問題是：是否可以在腳本中包含所有模塊？

編輯：我剛剛創建了一個運行which python的bash腳本，我注意到輸出不是我的python副本。但是當我在我的ssh帳戶上運行'哪個python'時，我正確地獲得了我的python副本。

來源

2014-03-25 Jack Twain

提交的腳本很可能使用系統Python安裝，而不是您自己的。嘗試使用一個命令which python來提交shell腳本來確認。

修正是將Python解釋器的路徑預先添加到系統路徑中。在我的機器上，正確的Python安裝在/Users/mbatchkarov/anaconda/bin/python。我添加了export PATH="/Users/mbatchkarov/anaconda/bin:$PATH"到~/.bash_profile

編輯添加同一行到~/.bashrc。

來源

2014-03-25 16:03:16 mbatchkarov

請參閱我的編輯。在我的SSH帳戶中，所有設置都正確，但是當我發送作業運行時，它使用其他一些python。 –

看我的編輯。如果它在ssh進入計算節點時起作用，那麼SGE必須產生非登錄shell。你可以在http://superuser.com/questions/183870/difference-between-bashrc-and-bash-profile閱讀關於登錄和非登錄shell的區別 – mbatchkarov

通過計算集羣加載python模塊

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