使用awk修改文本文件或sed的或兩者（再次）

我真的很抱歉，我在用老一套的問題 - AWK和sed使用awk修改文本文件或sed的或兩者（再次）

我想轉換含有大量的文本文件：

>hg19_ct_UserTrack_3545_12513 range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA 
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC 
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT 
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC 
>hg19_ct_UserTrack_3545_13212 range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC 
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT 
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT 
CCATAAAATAT

等，等

要：

>range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA 
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC 
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT 
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC 
>range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC 
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT 
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT 
CCATAAAATAT

我試過awk 'NR==1{sub(/^[^ ]* /,"")} 1'和sed -i '1s/\w\+ //'但沒有任何工作。

來源

2013-02-11 user1879573

那麼，這些多行記錄？我以爲他們只是爲了演示而包裝。如果是這樣，記錄的開始是什麼，類似於** hg19_ct_UserTrack_3545_13212 **？最後的結果只是一個很長的字符串，沒有那些UserTrack字段？ – mjuarez 2013-02-11 11:04:51

我假設你想刪除以大於號開頭的行中的第一個單詞。在這種情況下，你可以使用awk這樣的：

awk '{sub(/^>[^ ]* /,">")} 1'

移除限制，NR==1意味着下面的塊將只在第一線執行。還包括>的模式和更換。

輸出：

>range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA 
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC 
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT 
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC 
>range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC 
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT 
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT 
CCATAAAATAT

來源

2013-02-11 11:04:52 Thor

看起來你只想刪除第一個字段，直到第一個空格。你可以這樣做：

cut -f2- -d ' '

來源

2013-02-11 10:54:09 mjuarez

不是真的，檢查行1861223 ...和最後一行...我不知道什麼是規則... :) – Kent 2013-02-11 10:56:32

下面是使用sed一個辦法：

sed '/^>/s/[^ ]* />/' file

結果：

>range=chr1:52035541-52035716 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
CACACATACTTTTATTCAAGCCTCAGAGCAACCCTGCAAAATGAGTATTA 
TCTCCACTTTACAATCAGGAGGCTGAGTCATAAGGAGGTGAGTCACCTGC 
CTAGGGCCACATAGCTAGCAAGGAGCCAAGCTGGAATTTTAAGCCACGTT 
TGTCTGATTCTTTCTGCATACCATGC 
>range=chr1:186122154-186122314 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none 
ATCTTCAGGGACAAGTTTTTACAAACTCTCTTAATGGTTTTACCACCCTC 
CCTATCAGGACCAAGATCAAATACTTGATGTAAGGCATTTGTTTAATTTT 
CTTTAGACAAAGAGGATAGTAATTCTTGCATAAACGTTTTTGTGTATCAT 
CCATAAAATAT

來源

2013-02-11 12:15:29 Steve

使用awk修改文本文件或sed的或兩者（再次）

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