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我想編譯下面的程序,使得FASTA序列比對,該方案可供選擇:如何編譯和運行這個程序,pthread問題?
http://compbio.cs.princeton.edu/mems/
我已經下載了所謂的sparseMEM一個zip文件,並下載了G ++在Ubuntu Linux操作系統,在目錄中創建了一個Makefile存檔,所以我試圖用make進行編譯。問題是我得到以下錯誤:
g++ -lpthread -O3 -DSIXTYFOURBITS mummer.o qsufsort.o sparseSA.o fasta.o -o mummer
mummer.o: In function `main':
mummer.cpp:(.text.startup+0x480): undefined reference to `pthread_create'
mummer.cpp:(.text.startup+0x4a8): undefined reference to `pthread_join'
sparseSA.o: In function `sparseSA::MEM(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::vector<match_t, std::allocator<match_t> >&, int, bool, int)':
sparseSA.cpp:(.text+0x3bbc): undefined reference to `pthread_create'
sparseSA.cpp:(.text+0x3be0): undefined reference to `pthread_join'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [mummer] Error 1
我該如何讓它運行?
也如果有人知道如何測試這個程序將是巨大的
感謝
刪除'-lpthread'。添加'-pthread'。 –
使用-l選項指定的庫總是應該出現在.o文件之後,這裏的順序很重要。 –