運行OpenMPI程序沒有mpirun

我使用gcc和OpenMPI。我通常運行使用mpirun包裝MPI程序 - 例如，運行OpenMPI程序沒有mpirun

mpirun -np 4 myprogram

啓動4個進程。

但是，我想知道是否可以輕鬆生成一個二進制文件，這將自動執行（也許有一些硬編碼選項，如-np 4）。

我知道我可以寫一個C包裝調用我的程序，如下列：

#include <stdlib.h> 
#include <unistd.h> 

int main() { 
     char *options[] = { "mpirun", "-np", "4", "myprogram" }; 

     execvp("mpirun", options); 
     /* Ignoring return value to keep example simple */ 

     return EXIT_SUCCESS; 
}

但這似乎有點笨拙，我結束了兩個可執行文件，而不是一個。

我試圖顯式鏈接MPI庫，例如

gcc -o myprogram -I/usr/lib/openmpi/include/ \ 
    -lmpi -L/usr/lib/openmpi/lib/ myprogram.c

但是當我運行生成的可執行文件，MPI_Comm_size集零爲組的大小（因爲如果我給了-np 0作爲參數）。我可以使用環境變量或其他方式來傳遞組大小嗎？或者，還有另一種方法來構建一個單一可執行的MPI程序（使用Linux和gcc）？

來源

2012-06-24 Jay

它可以做到，但我不知道如何從頭頂上。我知道一些我遇到過的程序是這樣做的。這裏沒有真正的魔法，它只是在幕後做了一堆事情，你也可以自己做。 –

我是否理解正確 - 你想跳過'mpirun'或者你想以某種方式自動調用'mpirun'？ –

@Hristo Iliev：如果我有一個靜態二進制文件，那將會很好。 – Jay

如果我沒有得到它，你想有一個自推出MPI可執行文件。正如我在評論中所寫的那樣，您可以使用一個特殊選項，使您的代碼在提供時執行mpirun（例如）。 -launchmpi。使用Open MPI，它更容易，因爲它將特殊的環境變量導出到已啓動的MPI進程中，例如， OMPI_COMM_WORLD_RANK。如果此變量存在於環境中，那麼您知道程序是從mpirun啓動的，而不是直接啓動。

int main (int argc, char **argv) 
{ 
    int perform_launch = 0; 
    // Scan argv[] for special option like "-launchmpi" 
    // and set perform_launch if found 

    if (perform_launch || getenv("OMPI_COMM_WORLD_RANK") == NULL) 
    { 
     // #args = argc + 3 ("mpirun -np 4" added) + NULL 
     // #args should be reduced by one if "-launchmpi" is present 
     char **args = (char **)calloc(
      argc + (perform_launch ? 3 : 4), 
      sizeof(char *)); 
     args[0] = "mpirun"; 
     args[1] = "-np"; 
     args[2] = "4"; 
     // Copy the entire argv to the rest of args but skip "-launchmpi" 

     execvp("mpirun", args); 

     return EXIT_SUCCESS; 
    } 

    // Proceed as regular MPI code 
    MPI_Init(&argc, &argv); 
    ... 
    // Magic happens here 
    ... 
    MPI_Finalize(); 

    return EXIT_SUCCESS; 
}

如果你想控制在MPI工作進程數，你可以提供它作爲一個額外的arugment，例如：你可以在一個檢查這個結合這兩種方法-launchmpi 12或環境變量，並在上面的代碼中使用它的值而不是"4"。

請注意，如果沒有mpirun，MPI可執行文件通常無法啓動。後者是MPI運行時的一個組成部分，它還可以啓動多個MPI可執行文件。在編譯任何MPI編譯器包裝時，您也總是明確鏈接到MPI庫（嘗試mpicc -showme）。雖然您可以靜態鏈接MPI庫（不推薦，請參閱here），但仍需要mpirun才能運行MPI作業 - AFAIK無法在程序中嵌入mpirun功能，至少不能在Open MPI中嵌入。

來源

2012-06-25 08:15:43

感謝您的回覆 - 這真的很有用！ – Jay

你可以用bash腳本做到這一點：

 
# If you change this script has executable (chmod +x script_name) 
# and if you have the current path in the PATH variable (add export PATH=.:$PATH in your .bashrc) 
#Then, you can run this has: script_name program_args 

mpirun -np 4 your_executable_name "[email protected]"

來源

2012-06-24 19:06:42 RSFalcon7

你幾乎肯定需要''$ @'''，而不是'$ *'，否則你會在分詞時破壞參數。 –

謝謝@ChrisDown我更正了我的答案。 – RSFalcon7

你的論點仍然會被打亂。引號很重要。 –

運行OpenMPI程序沒有mpirun

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