迭代字典

Question

在下面的代碼中，我試圖循環變量「Genome」，其中包含一段遺傳密碼。我正在初始化一個存儲在變量「skew」中的數組，這個變量保持了遺傳字母的運行得分。例如，每次遇到「C」時，我想讓skew [i]等於skew [i-1] -1，並且每次遇到「G」時，我希望skew [i]等於skew [i-1] +1。所以我基本上保留了一段遺傳密碼中G與C比值的分數。當我運行下面的代碼時，我得到「Keyerror：23」。我知道當Python無法訪問一個字典項時Python會拋出一個keyerror，但我不知道如何修復我的代碼。請幫忙！！

def skew(Genome): 
    skew = {} 
    n = len(Genome) 
    skew[0] = 0 
    for i in range(0,n): 
     #skew[i] = skew[i-1] 
     if Genome[i] == "G": 
      for j in (1,n): 
       skew[j] = skew[j-1]+1 
     elif Genome[i] == "C": 
      for j in (1,n): 
       skew[j] = skew[j-1]-1 
     else: 
      for j in (1,n): 
       skew[j]=skew[j-1] 
    return skew 


Genome="CCGTTCTTCGCTCTAGTTACAGCG" 


print skew(Genome) 

Answer 1

你應該改變skew = {}爲skew = []初始化列表，而不是一本字典。

並確保所有skew[j]不訪問列表中進行邊界的，你可以初始化skew像

skew = [0] * n 

Answer 2

for j in (1,n)：你缺少range。所以j馬上取值24，你的代碼中斷（j-1 = 23還沒有在字典中）。更改爲for j in range(1,n)。

Answer 3

這是一個簡單的解決方案。我認爲計算其他字母對的偏斜很有用，所以我也加了這個。

delta是發電機表達式確定的變化（+ 1，-1，0）。 accumulate生成三角洲的運行總和。

import itertools as it 

def skew(Genome, plus="G", minus="C"): 
    delta = (1 if c == plus else -1 if c == minus else 0 for c in Genome) 
    return list(it.accumulate(delta)) 

skew(Genmome) 

返回

[-1, -2, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -3, -2, -3, -3, -4, -4, -4, -3, -3, -3, -3, 4, -4, -3, -4, -3] 

編輯 一種等效的Python 2.7溶液：

def skew(Genome, plus="G", minus="C"): 
    delta = [1 if c == plus else -1 if c == minus else 0 for c in Genome] 
    for i in range(1, len(delta)): 
     delta[i] += delta[i-1] 
    return delta