我是新來的Python，我正在尋找一個天真的，簡單的單鏈接聚類python算法的示例，該算法基於創建鄰近矩陣並從中刪除節點。我知道有些包如numpy，但我寧願避免它們。
我已經在網上搜索，但找不到任何足夠簡單的代碼，以便能夠理解，以便以後自己複製它。Python：單鏈接聚類算法

與具有不相交的聚類水平L（0）= 0和序列數m = 0

開始查找最相似的集羣對在當前的聚類，說一對（R），（S），根據d [（r），（s）] = min d [（i），（j）]，其中最小值在當前聚類的所有聚類對上。

遞增序列號：m = m + 1.將簇（r）和（s）合併爲一個簇，形成下一個簇m。將該聚類的級別設置爲L（m）= d [（r），（s）]

通過刪除與羣集（r）和（s）對應的行和列來更新鄰近矩陣D添加對應於新形成的羣集的行和列。表示（r，s）和舊聚類（k）的新聚類之間的接近度定義爲d [（k），（r，s）] = min d [（k），（r）]，d [ K），（S）]。

如果所有對象都在一個羣集中，請停止。否則，請轉至步驟2.

這些是維基百科中描述的步驟。我創建了距離矩陣，但不知道如何在那裏繼續。

這是我到目前爲止有：

比較

def comparison(protein1, protein2): 

    l = [i for i in range(len(protein1)) if protein1[i] != protein2[i]] 

    return len(l)

創建矩陣

def matrix (r1,r2): 

    r = [] 
    for p1 in proteins: 
    r2 = [] 
    for p2 in proteins: 
     r2 += [comparison(p1, p2)] 
    r += [r2] 
    return r

這些都是我想比較序列：

seqlist = {「Human」：「MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHKTGPNLHG」，「黑猩猩」：「MGDVEKGKKIFIMKCSQCHTVEKGGKHK TGPNLHG 「」西部眼鏡猴「：」MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGXNLHG「，」鼠標「：」MGDAEAGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLWG「，」兔子「：」MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG「，」狗「：」MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG「，」豬八戒「：」MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG「，」鱷龜「：」 MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLNG」，「鱷魚」：「MGDVEKGKKIFVQKCAQCHTVEKGGKHKTGPNLHG」，「蜜蜂」：「AGDPEKGKKIFVQKCAQCHTIESGGKHKVGPNLYG」，}

來源

2014-03-13 kapoios_kanateris

這個問題似乎是題外話，因爲它是示例代碼 – jonrsharpe

對不起的請求，我也做了第一部分我自己，創造了矩陣，但不知道如何從那裏rpoceed。有沒有更好的方式來重述它？ –

@kapoios_kanateris既然你已經寫過這個問題的解決方案的一部分，你應該把它發佈在這個頁面上。然後我們可以弄清楚還需要做些什麼。 –