2013-08-05 30 views
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我正在使用R來對我命名爲'tissuedata'的矩陣進行聚類。我有一個用下面的代碼生成一個hclust對象:如何在R中打印一個hclust對象的行?

TissueDist<-dist(tissuedata, method="euclidean") 
    TissueClust<-hclust(TissueDist, method='complete') 

現在我想同時保留集羣行的順序從TissueClust打印出該行的名稱。有什麼建議麼?

這裏是什麼樣的 'tissuedata' 矩陣可以包含一個例子:我不知道如果我理解問題的權利

          Brain  Bone Breast  Lung Ovary Pancreas  HeLa 
    17271422_17271984_ENSG00000026025 -3.266758 0.000000 -3.215719 -5.248721  0 -2.891329 -3.718194 
    17272608_17272709_ENSG00000026025 -4.304518 -4.560667 -3.359868 0.000000  0 -3.108627 -4.227678 
    17272632_17272709_ENSG00000026025 -4.188425 -4.444906 -3.243362 0.000000  0 -2.992122 -4.111259 
    17272649_17272709_ENSG00000026025 -3.984628 -4.338187 -3.104413 0.000000  0 -2.791452 -3.828157 
    17275586_17275681_ENSG00000026025 -3.278478 -3.932706 -2.903414 -4.480172  0 -2.781268 -3.423038 
    17276692_17276817_ENSG00000026025 -3.355184 -4.351640 -3.009279 0.000000  0 -3.231431 -4.194499 
    17276692_17276850_ENSG00000026025 -3.456211 -4.453457 -3.110306 0.000000  0 -3.332458 -4.294992 
    17277845_17277888_ENSG00000026025 -3.842749 -4.195861 -2.661506 0.000000  0 -2.373369 -3.436403 
    17277845_17277908_ENSG00000026025 -4.005683 -4.358526 -2.824233 0.000000 -1 -2.536096 -3.599131 
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你有一些樣本數據嗎? – Peter

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這就是'tissuedata'矩陣的樣子。 – user2639056

回答

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.....

# $labels gives orginal ordering form matrix 
TissueClust$labels 

# $order gives the permutation of the original observations 
# see ?hclust detail section 
TissueClust$order 

# not sure, but are you looking for this? 
TissueClust$labels[c(TissueClust$order)] 

心連心

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我試過了你的建議,但是它返回以下錯誤:$運算符對於原子向量無效 – user2639056

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錯誤發生在哪裏(第一行,第二行或最後一行)?我在上面發佈的示例中試過了,它對我來說工作得很好。 – holzben

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我現在已經使用TissueClust $標籤[c(TissueClust $ order)] – user2639056