如何在perl中執行命令的同一文件夾中輸出文件

Question

我有fastq_trimmer_command_line.pl。它有chmod 755，位於PATH的目錄中。我從我希望輸出的目錄（~/data/output）運行此腳本，並且輸入文件位於不同的文件夾（~/data）中。

的命令：

~/data/output$ fastq_trimmer_command_line.pl -f ../r1.fastq -r ../r2.fastq -c 22 

fastq_trimmer_command_line.pl：

...important details omitted... 
open OUT_R1, ">", "$R1_file-trimmed.fq"; 

輸出文件夾中~/data，其中輸入文件被創建。如何在~/data/output中創建r1.fastq--trimmed.fq，該命令是從哪個目錄執行的？

Answer 1

如果我理解正確，如果輸入文件是../r1.fastq，您希望輸出文件爲r1.fastq-trimmed.fq。

use File::Basename qw(basename); 

my $input_qfn = '../r1.fastq'; 
my $output_qfn = basename($input_qfn) . '-trimmed.fq';