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xml文件無法導入

2012-05-05 159 views
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我想從毒品庫下載中轉換一個xml文件。每當我嘗試導入它在Excel 2007中說它無法導入。也許是因爲尺寸。任何人都可以建議，如果有任何其他方式我可以讓這個文件打開，所以我可以將其保存爲製表符分隔符？它的第一個文件（所有藥物，包括目標，轉運蛋白，載體和酶信息）在這裏，http://www.drugbank.ca/downloads xml格式xml文件無法導入

來源

2012-05-05 Lumos Lumos

+0

如果您熟悉編程和XSLT，可以使用它將XML轉換爲製表符分隔的文件。 – erikxiv

+0

@Lumos Lumos。我不知道你是否被告知是否修改了答案。這個評論是爲了確保你知道。 –

回答

2

這是我原來的答案的完整重寫。

對於我的原始答案，我對drugbank.xml進行了有限的分析。我對衝了一點，但表示結構太複雜，無法轉換爲任何標準制表符分隔的文件。通過這個，我的意思是一個製表符分隔的文件，可以被任何標準程序處理。我支持該聲明，但可以創建一個非標準的分隔文件，這可能很有用。

下表顯示了drugbank.xml的結構。

這些列是索引，級別，名稱，父級和重複級別。對於元素藥物和合作夥伴，重複是實際的重複次數。對於其他元素，它是其父項事件的最大重複次數。

Inx Lvl Name------------------------------------ Pnt Repeats 
    1 1 drugs         0  1 
    2 2  drug         1 6711 
    3 3  drugbank-id       2  1 
    4 3  name         2  1 
    5 3  description       2  1 
    6 3  cas-number       2  1 
    7 3  general-references     2  1 
    8 3  synthesis-reference     2  1 
    9 3  indication       2  1 
10 3  pharmacology       2  1 
11 3  mechanism-of-action     2  1 
12 3  toxicity        2  1 
13 3  biotransformation     2  1 
14 3  absorption       2  1 
15 3  half-life       2  1 
16 3  protein-binding      2  1 
17 3  route-of-elimination     2  1 
18 3  volume-of-distribution    2  1 
19 3  clearance       2  1 
20 3  secondary-accession-numbers   2  1 
21 4   secondary-accession-number  20  5 
22 3  groups        2  1 
23 4   group        22  3 
24 3  taxonomy        2  1 
25 4   kingdom       24  1 
26 4   substructures      24  1 
27 5   substructure     26  35 
28 3  synonyms        2  1 
29 4   synonym       28  82 
30 3  salts        2  1 
31 4   salt        30  17 
32 3  brands        2  1 
33 4   brand        32  230 
34 3  mixtures        2  1 
35 4   mixture       34  340 
36 5   name       35  1 
37 5   ingredients      35  1 
38 3  packagers       2  1 
39 4   packager       38  173 
40 5   name       39  1 
41 5   url        39  1 
42 3  manufacturers      2  1 
43 4   manufacturer      42  91 
44 3  prices        2  1 
45 4   price        44  172 
46 5   description      45  1 
47 5   cost       45  1 
48 5   unit       45  1 
49 3  categories       2  1 
50 4   category       49  11 
51 3  affected-organisms     2  1 
52 4   affected-organism     51  3 
53 3  dosages        2  1 
54 4   dosage       53  22 
55 5   form       54  1 
56 5   route       54  1 
57 5   strength      54  1 
58 3  atc-codes       2  1 
59 4   atc-code       58  36 
60 3  ahfs-codes       2  1 
61 4   ahfs-code       60  11 
62 3  patents        2  1 
63 4   patent       62  5 
64 5   number       63  1 
65 5   country       63  1 
66 5   approved      63  1 
67 5   expires       63  1 
68 3  food-interactions     2  1 
69 4   food-interaction     68  6 
70 3  drug-interactions     2  1 
71 4   drug-interaction     70  246 
72 5   drug       71  1 
73 5   name       71  1 
74 5   description      71  1 
75 3  protein-sequences     2  1 
76 4   protein-sequence     75  10 
77 5   header       76  1 
78 5   chain       76  1 
79 3  calculated-properties    2  1 
80 4   property       79  18 
81 5   kind       80  1 
82 5   value       80  1 
83 5   source       80  1 
84 3  experimental-properties    2  1 
85 4   property       84  4 
86 5   kind       85  1 
87 5   value       85  1 
88 5   source       85  1 
89 3  external-identifiers     2  1 
90 4   external-identifier    89  13 
91 5   resource      90  1 
92 5   identifier      90  1 
93 3  external-links      2  1 
94 4   external-link      93  4 
95 5   resource      94  1 
96 5   url        94  1 
97 3  targets        2  1 
98 4   target       97  144 
99 5   actions       98  1 
100 6    action      99  2 
101 5   references      98  1 
102 5   known-action     98  1 
103 3  enzymes        2  1 
104 4   enzyme       103  19 
105 5   actions      104  1 
106 6    action      105  3 
107 5   references      104  1 
108 3  transporters       2  1 
109 4   transporter      108  24 
110 5   actions      109  1 
111 6    action      110  3 
112 5   references      109  1 
113 3  carriers        2  1 
114 4   carrier       113  6 
115 5   actions      114  1 
116 6    action      115  1 
117 5   references      114  1 
118 2  partners        1  1 
119 3  partner       118 4227 
120 4   name        119  1 
121 4   general-function     119  1 
122 4   specific-function    119  1 
123 4   gene-name      119  1 
124 4   locus       119  1 
125 4   reaction       119  1 
126 4   signals       119  1 
127 4   cellular-location    119  1 
128 4   transmembrane-regions   119  1 
129 4   theoretical-pi     119  1 
130 4   molecular-weight     119  1 
131 4   chromosome      119  1 
132 4   species       119  1 
133 5   category      132  1 
134 5   name       132  1 
135 5   uniprot-name     132  1 
136 5   uniprot-taxon-id    132  1 
137 4   essentiality      119  1 
138 4   references      119  1 
139 4   external-identifiers    119  1 
140 5   external-identifier   139  9 
141 6    resource      140  1 
142 6    identifier     140  1 
143 4   synonyms       119  1 
144 5   synonym      143  38 
145 4   protein-sequence     119  1 
146 5   header       145  1 
147 5   chain       145  1 
148 4   gene-sequence     119  1 
149 5   header       148  1 
150 5   chain       148  1 
151 4   pfams       119  1 
152 5   pfam       151  15 
153 6    identifier     152  1 
154 6    name       152  1 
155 4   go-classifiers     119  1 
156 5   go-classifier     155  49 
157 6    category      156  1 
158 6    description     156  1

我有一個實用程序，我開發的客戶端無法處理他們正在發送的巨大的XML文檔。我將選定的信息提取到分隔文件。儘管這些XML文檔非常龐大，但結構非常簡單，沒有第二級元素的重複。我想知道是否可以增強實用程序以接受重複並將數據輸出到分隔文件，儘管是非標準分隔文件。我現在知道我可以，但我不確定分隔文件是多麼有用。

我的輸出有97列，每個葉元素一個。有六個標題行，每個級別一個。其中列出了葉元素及其父元素。當一個元素重複時，該值將被放置在下一個可用行上。我希望，前三個藥品檔案中的幾列可以清楚地說明。請注意，列61已被截斷用於此顯示。

|Column 1 |Column 2 |Column 18     |Column 25 |Column 56     |Column 60 |Column 61      |Column 62 | 
|drugs  |drugs  |drugs      |drugs  |drugs      |drugs  |drugs       |drugs  | 
|drug  |drug  |drug      |drug  |drug      |drug  |drug       |drug  | 
|drugbank-id|name  |secondary-accession-numbers|mixtures |external-identifiers  |targets |targets      |targets  | 
|   |   |secondary-accession-number |mixture |external-identifier   |target |target      |target  | 
|   |   |       |name  |resource     |actions |references     |known-action| 
|   |   |       |   |       |action |        |   | 
|DB00001 |Lepirudin |BIOD00024     |   |Drugs Product Database (DPD)|inhibitor |# Turpie AG: Anticoagulants in|yes   | 
|   |   |BTD00024     |   |National Drug Code Directory|   |        |   | 
|   |   |       |   |PharmGKB     |   |        |   | 
|   |   |       |   |UniProtKB     |   |        |   | 
|DB00002 |Cetuximab |BIOD00071     |   |National Drug Code Directory|antagonist|# Hosokawa N, Yamamoto S, Ueha|yes   | 
|   |   |BTD00071     |   |GenBank      |   |# Snyder LC, Astsaturov I, Wei|unknown  | 
|   |   |       |   |PharmGKB     |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Negri DR, Tosi E, Valota O, |unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|   |   |       |   |       |   |# Overington JP, Al-Lazikani B|unknown  | 
|DB00003 |Dornase Alfa|BIOD00001     |Cauterex |Drugs Product Database (DPD)|   |# Cramer GW, Bosso JA: The rol|yes   | 
|   |   |BTD00001     |Clorfibrase|GenBank      |   |        |   | 
|   |   |       |Elase  |PharmGKB     |   |        |   | 
|   |   |       |Fibrabene |UniProtKB     |   |        |   | 
|   |   |       |Fibrase SA |       |   |        |   | 
|   |   |       |Fibrolan |       |   |        |   | 
|   |   |       |Parkelase |       |   |        |   | 
|   |   |       |Ridasa  |       |   |        |   | 
|   |   |       |   |       |   |        |   |

生成的文件有135,713行，長度爲52,171,387字節。這個，或者一些簡單的變化，會有用嗎？

來源

2012-05-06 10:54:30

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