命令替換問題（變量爲空）

在shell腳本中遇到命令替換問題。我之前在另一個系統上使用過這個腳本，所以不知道這裏發生了什麼。似乎不管我如何附上命令來設置變量，我收到一個空變量。我已經嘗試了許多不同的方法來附上它們（$()，反引號，引號）。如果有幫助，我試圖提交一個數組作業。命令替換問題（變量爲空）

#!/bin/bash 
#BSUB -q shared 
#BSUB -W 23:55 
#BSUB -M 51200 
#BSUB -J windowCovR1 
#BSUB -R "span[hosts=1]" 

mem=$LSB_JOBINDEX 
sample=`head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print $2}'` 
eval ${sample} 
echo ${sample}

$mem被正確設定，它的東西與sample線。 echo命令打印一個空行。

來源

2016-07-06 Ethan

[我試圖把一個命令放在一個變量中，但複雜的情況總是失敗！]（http://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/050） – fedorqui

我不認爲這真的解決了這個問題...這對我來說（在不同的系統上）有效，所以不知道現在發生了什麼。 – Ethan

也許'bednames.txt'是空的？從文件中獲得行'N'的更好的方法可能是'sample = $（awk -vlineno = $ {mem}'NR == lineno {print $ 2}'bednames.txt）'... – twalberg

你爲什麼要「隨意試用反推」而不是其他引號？你知道什麼反作用力嗎？

如果替換結果爲空，那是因爲那是變量的值。您是否嘗試過調試其輸出設置該變量的命令，通過，哦，我不知道，也許是在終端上鍵入它？

來源

2016-07-06 17:31:30

-1

您分配樣本值的命令是正確的。在我的命令行上工作。但是，您在shell腳本中使用的是相同的。所以對於那些嘗試使用以下： -

樣品= head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print \$2}'

\ $ 2之前。可能發生的情況是，如果您使用的是\，則腳本會檢查第二個命令行參數。

來源

2016-07-06 17:53:25

在單引號內，不需要轉義'$'，這樣做實際上會導致'awk'抱怨語法錯誤。 – twalberg

由於您使用的是$LSB_JOBINDEX，您可能需要一個數組作業。作業名稱應包含數組的開始和結束參數。例如

#BSUB -J windowCovR1[1-100]

這假定文件bednames.txt中有100條命令行。沒有數組邊界，$LSB_JOBINDEX將始終爲零。 head -n 0會給出空字符串。

我試過這個簡單的例子，它適用於我。

[[email protected] ~]$ cat tmp.sh 
#!/bin/bash 
#BSUB -q normal 
#BSUB -W 23:55 
#BSUB -M 10 
#BSUB -J windowCovR1[1-2] 
#BSUB -R "span[hosts=1]" 

mem=$LSB_JOBINDEX 
echo "$$ mem $mem" >> /tmp/LOG 
sample=`head -n "$mem" bednames.txt | tail -1 | awk '{print $2}'` 
echo "$$ ${sample}" >> /tmp/LOG 

[[email protected] ~]$ cat bednames.txt 
line11 line12 
line21 line22 

[[email protected] ~]$ bsub < tmp.sh 
Job <805> is submitted to queue <normal>. 

[[email protected] ~]$ cat /tmp/LOG 
7979 mem 1 
7979 line12 
7991 mem 2 
7991 line22

另一個小問題。如果這不是一項並行工作，則不需要-R "span[hosts=1]"。

來源

2016-07-07 19:39:19

命令替換問題（變量爲空）

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