如何在R中限制X軸後自動重新計算y軸刻度ggplot2

Question

我正在使用ggplot2繪製大量數據框中的某些光譜數據。我想將圖形限制在400至900納米之間的波長。我知道如何使用scale_x_continuous（）或xlim（）來設置x軸限制。問題在於，在完成此操作後，y軸不會自動重新調整爲顯示的最小/最大值。我不想手動設置它，因爲我的循環處理的每個數據幀將具有不同的範圍。

哪裏summary是我的數據幀的列表中，那麼這段代碼給我地塊的名單，而軸調整：

plotlist <- list() 
for(i in 1:length(summary)){ 
    plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) + 
    geom_line(aes(color=Sample)) + 
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5) + 
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) + 
    theme_classic() 
} 
plotlist[[33]] 

這給了我： Plot without axis adjustment

如果我調整X軸向400 - 900這樣：

plotlist <- list() 
for(i in 1:length(summary)){ 
    plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) + 
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) + 
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) + 
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) + 
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) + 
    theme_classic() 
} 
plotlist[[33]] 

然後我得到這個情節，與x軸正確，但y軸的規模對於顯示的數據來說現在太大了： Plot with correct x-axis, but wrong y-axis

我該如何自動調整y軸到合適的最小/最大值，但只能在x軸的400-900 nm範圍內？

Answer 1

這是一個可能的解決方案。但是，由於我無法訪問您的數據，因此我無法測試它是否真正起作用。

您可以在構建繪圖之前定義波長範圍的最大平均值，然後在ylim函數中調用該值。

這兩條線我補充如下：

y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 & summary[[i]]$Wavelength <= 900]) 

，並

ylim(0, (y_scale + 0.5))+ 

然後最終的代碼如下所示：

plotlist <- list() 
for(i in 1:length(summary)){ 
    y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 & summary[[i]]$Wavelength <= 900]) 
    plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) + 
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) + 
    ylim(0, (y_scale + 0.5))+ 
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) + 
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) + 
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) + 
    theme_classic() 
} 
plotlist[[33]] 

希望這有助於！