包檢查期間使用inst/extdata與小插曲R 2.14.0

我有一個包含一個csv文件的包，我把它放在每個R-exts的inst/extdata中。該文件是小插曲所需要的。如果我直接點出小插曲，一切運作良好。但是，當我運行R --vanilla CMD檢查時，檢查過程找不到該文件。我知道它在檢查過程中已經被移到了.Rcheck目錄中，這可能是問題的一部分。但我不知道如何設置它，所以直接Sweave和vignette構建/檢查工作。包檢查期間使用inst/extdata與小插曲R 2.14.0

暗角包含這樣一行：

EC1 <- dot2HPD(file = "../inst/extdata/E_coli/ecoli.dot", 
node.inst = "../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv",

和功能dot2HPD通過訪問文件：

ni <- read.csv(node.inst)

這裏的錯誤消息：

> tab <- read.csv("../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv") 
Warning in file(file, "rt") : 
    cannot open file '../inst/extdata/E_coli/NodeInst.csv': No such file or directory 

    When sourcing ‘HiveR.R’: 
Error: cannot open the connection 
Execution halted

順便說一句，這與此question有關，但該信息似乎過時並且不完全覆蓋這個領域。

我在Mac上。

來源

2011-11-14 Bryan Hanson

您是否嘗試過使用system.file而不是硬編碼的相對路徑？

EC1 <- dot2HPD(file = system.file("inst", "extdata", "E_coli", "ecoli.dot", package = "your_package+name")) 
node.inst <- system.file("inst", "extdata", "E_coli", "NodeInst.csv", package = "your_package_name")

來源

2011-11-14 23:12:36

Thanks Max。我試過了，但它返回一個空字符串。查看？system.file，這意味着軟件包必須已經安裝（因爲有一個lib.loc參數）。也許需要system.file的想法，但在檢查環境中進行評估。 –

省略'inst';那個目錄在安裝過程中被刪除 - '''system.file（「extdata」，「E_coli」，「ecoli.dot」，package =「your_package + name」）' –

我看到另外一個問題。感興趣的文件位於BAH/packages/HiveR/inst/extdata/E_coli /中，但在檢查過程中，「inst」文件夾消失，而現在感興趣的文件的路徑爲：BAHpackages/HiveR.Rcheck/HiveR/extdata /E_coli/NodeInst.csv –

包檢查期間使用inst/extdata與小插曲R 2.14.0

回答

相關問題