我一直在R中使用III型SS多年，現在似乎沒有問題。但是現在我遇到了一個問題，R中的III型方塊和汽車包裝產生了高度不一致的結果。R型III SS產生不一致的結果
是的，我每次都運行這行代碼。
options(contrasts = c("contr.treatment", "contr.poly"))
我使用的模式是這樣的：
M1 <- aov(Response ~ Location + Time + Fish*Nutrient, data=data)
Anova(M1, type="III")
位置（2），時間（3），魚（3），營養（3）均爲分類變量（＃水平在括號內）。如果這些分類變量在數據文件中列出的數字，我跑（一個例子）：
data$Fish <- as.factor(data$Fish)
這些都是結果我用SAS得到：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
Location 13.122 1 22.08 <.0001
Time 15.746 2 7.87 <.0001
Fish 25.876 2 12.94 <.0001
Nutrient 22.074 2 11.04 <.0001
Fish:Nutrient 13.780 4 3.44 0.0006
當我最初在RI跑這有養分和魚有用於每個級別的所有數值和跑as.factor每個變量和接收這些結果：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 56.827 1 95.6078 2.758e-13 ***
Location 13.122 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.746 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.682 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 0.424 2 0.3567 0.7017240
Fish:Nutrient 13.780 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.313 51
以上是不同的是魚和女的唯一變量trient，下面的每個迭代都是一樣的。
然後，我進入並對數據表做了一個小改動，將魚的三個等級（最初爲0,1,2）中的一個改爲（z，1，2）。輸出改爲：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 5.3556 1 9.0104 0.0041488 **
Location 13.1220 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.7462 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.6825 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 17.7692 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.7799 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.3134 51
巨大的變化！並且輸出不會根據我是否爲這些新級別運行as.factor而改變。
我然後改變魚（現：Z，O，2）的另一種等級和上述輸出僅略微改變爲：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 7.6351 1 12.8455 0.0007557 ***
Location 13.1220 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.7462 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.6825 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 17.6604 2 14.8562 8.243e-06 ***
Fish:Nutrient 13.7799 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.3134 51
改變魚類（Z，O，t）的最後一級之後輸出稍微改變爲：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 5.3556 1 9.0104 0.0041488 **
Location 13.1220 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.7462 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.6825 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 17.7692 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.7799 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.3134 51
以上輸出與我在下面顯示的最後三個輸出相同。
然後我開始操縱營養素（原來是：0,4,8），同時讓魚保持在新的水平（z，o，t）。我第一次改變了營養物質（C，4,8）：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 27.783 1 46.7425 9.854e-09 ***
Location 13.122 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.746 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 14.578 2 12.2628 4.484e-05 ***
Nutrient 17.769 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.780 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.313 51
改變兩個級別（C，F，8）：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 51.708 1 86.9940 1.313e-12 ***
Location 13.122 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.746 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 0.396 2 0.3332 0.7182029
Nutrient 17.769 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.780 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.313 51
另一個巨大的變化！
三水平（C，F，E）在魚另一個巨大的變化結果，與最接近結果的SAS的：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 5.3556 1 9.0104 0.0041488 **
Location 13.1220 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.7462 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.6825 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 17.7692 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.7799 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.3134 51
位置最初也是兩個級別的數值變量（1 ，2）。所以，我再改一個級別（Y，2）：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 24.474 1 41.1763 4.535e-08 ***
Location 13.122 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.746 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.683 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 17.769 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.780 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.313 51
然後兩個級別（Y，Z）：
Sum Sq Df F value Pr(>F)
(Intercept) 5.3556 1 9.0104 0.0041488 **
Location 13.1220 1 22.0767 2.020e-05 ***
Time 15.7462 2 13.2459 2.328e-05 ***
Fish 24.6825 2 20.7632 2.531e-07 ***
Nutrient 17.7692 2 14.9477 7.780e-06 ***
Fish:Nutrient 13.7799 4 5.7959 0.0006352 ***
Residuals 30.3134 51
沒有變化有操縱位置時，和同樣的時間。那麼，爲什麼我的定位，時間和魚：營養素相互作用的結果與所有這些結果一致，並且與SAS相同，但魚和營養素的結果卻不斷變化，而且從不相同？
似乎有些事情必須是錯誤的，這種巨大的變化正在發生，而數據表只有輕微的變化，而數據表本身對結果無影響。我已盡一切努力在完全相同的條件下運行上述模型，唯一的變化就是我提到的數據表。
另請注意，我已經能夠使用類似的操作完成組成數據，並使用類似的一組變量和級別複製問題。
工作。謝謝！ – Matt