MPI_Wtime與實際掛牆時間之間的區別

我使用C和OpenMPI實現了MIMD遺傳算法，其中每個進程都照顧獨立的子羣（島模型）。因此，對於規模爲200的人口，1個過程運行在整個人口中，而2個過程演變100個人口。MPI_Wtime與實際掛牆時間之間的區別

因此，通過使用MPI_Wtime來測量執行時間，我得到了預期的執行時間通過使用ubuntu運行在2核機器上。然而，它並不同意ubuntu的時間命令和感知：很明顯，由於某種原因，運行2個進程需要更長的時間。

$time mpirun -n 1 genalg 
execution time: 0.570039 s (MPI_Wtime) 

real 0m0.618s 
user 0m0.584s 
sys  0m0.024s 


$time mpirun -n 2 genalg 
execution time: 0.309784 s (MPI_Wtime) 

real 0m1.352s 
user 0m0.604s 
sys  0m0.064s

對於較大的人口（4000），我得到如下：

$time mpirun -n 1 genalg 
execution time: 11.645675 s (MPI_Wtime) 

real 0m11.751s 
user 0m11.292s 
sys  0m0.392s 


$time mpirun -n 2 genalg 
execution time: 5.872798 s (MPI_Wtime) 

real 0m8.047s 
user 0m11.472s 
sys  0m0.380s

我得到了類似的結果是否有進程或不之間的通信，並且還試圖MPI_Barrier。也得到了與gettimeofday相同的結果，並打開或關閉gcc優化沒有太大的區別。

可能發生了什麼？它應該運行2個進程更快，如MPI_Wtime暗示，但實際上它運行速度較慢，匹配實時。

更新：我在另一臺PC上運行它，並沒有這個問題。

代碼：

void runGA(int argc,char* argv[]) 
{ 
    (initializations) 

    if(MYRANK == 0) 
     t1 = MPI_Wtime(); 

    genalg(); 
    Individual* ind = best_found(); 
    MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 
    if(MYRANK != 0) 
     return; 

    t2 = MPI_Wtime(); 
    exptime = t2-t1; 

    printf("execution time: %f s\n",exptime); 
}

來源

2017-08-14 bwdm

升級Ubuntu Mate 15.10到16.04之後，OpenMPI版本1.10.2（前一版本是1.6.5）出現了問題。

來源

2017-08-15 23:25:41 bwdm

我的猜測（和her/his）是time給由所有內核使用時間的總和。這更像是一種成本：你在2個核心上有2個進程，所以成本時間是time1 + time2，因爲第二個核心可以用於另一個進程，所以這次在這個第二個核心上「丟失」了。 MPI_Wtime()顯示人類的實際花費時間。

這也許可以解釋爲什麼在第二種情況下，實際時間低於用戶時間。 real時間更接近MPI時間總和用戶 ans sys。在第一種情況下，初始化時間花費很多時間，可能會導致結果錯誤。

來源

2017-08-14 14:57:42 Taknok

雖然運行2個進程明顯較慢。 MPI_Wtime報告的執行時間遠遠小於實時匹配的感知執行時間。 – bwdm

你在代碼中集體操作嗎？因爲在忙碌的等待中我無法重現您的問題：https://pastebin.com/vzA8qUL7 – Taknok

是的，但即使在刪除集體後，我也遇到了問題。 – bwdm

MPI_Wtime與實際掛牆時間之間的區別

回答

相關問題